L’un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois dimensions et en profondeur des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose des instruments et de l’expertise permettant de réaliser ce type d’analyse. L’un d’entre eux, le SPIM, fruit des recherches du CERT et d’autres laboratoires toulousains, demeure un outil unique en plateforme.
Un nouveau microscope basé sur une excitation à feuille de lumière, le SPIM (Selective Plane Illumination Microscope), permettant non seulement un sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur pour le vivant et offrant des possibilités d’acquisition en multi-vues, ouvre de nouvelles perspectives dans l’observation biologique. Cet équipement unique est aujourd’hui mis à la disposition de toute la communauté scientifique.
Specifications
Applications
Le MacroSPIM, macroscope basé sur une excitation à feuille de lumière, permet de visualiser après transparisation des tissus et des organes entiers par sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur. Il offre des possibilités d’acquisition en multivues, ouvre de nouvelles perspectives dans l’observation biologique. Cet équipement unique basé sur un développement mené à Barcelone (IRB), est aujourd’hui, au sein du CERT, mis à la disposition de toute la communauté scientifique.
Specifications
Applications
Specifications
AxioExaminer (statif droit) LSM 880 (Zeiss)
Distance maximale sous l’objectif :11 cm
Système de detection spectrale Quasar avec 2PMTs latéraux et 1 détecteur spectral central GaAsP composé de 32 détecteurs haute sensibilité)
Laser 458, 488,514,561 et 633
Laser Ti/Sa Chameleon (Coherent)
Applications
Live imaging (explants, modèles animaux)
Acquisition jusqu’à 10 canaux ponctuel don’t 8 GaAsP
Acquisition spectrale simultanée de 391 à 749 nm
Libre parametrage de la fenêtre d’emission de fluorescence.
Acquisition confocale
SGH
La Vidéomicroscopie permet un suivi dynamique à long terme sur des échantillons « vivants » en 2D.
Specifications
Applications
Le Fortessa X20 est équipé de 5 lasers : 488nm blue, 405nm violet, 355nm UV, 640nm red, 561nm yellow-green, pouvant lire 19 paramètres. Le Fortessa présent sur la plateforme est également équipé d’un passeur de plaques 96 puits. Le plateau est équipé des logiciels d’analyses DIVA, Flowlogic et Kaluza, utilisables sur place sous conditions de réservation.
Le MACSQuant est équipé de 3 lasers : 405nm, 488nm et 640nm, pouvant ainsi lire 10 paramètres. Ce cytomètre est également équipé d’un passeur de plaque, d’un module de marquage et de dilution automatique. Il permet de standardiser des expériences.
Le trieur présent sur le plateau, sous ambiance stérile, est un ARIA Fusion (BD Biosciences) équipé de 4 lasers : 561nm yellow-green, 407nm violet, 633nm red, 488nm blue, pouvant lire 18 paramètres.
Le trieur présent sur le plateau est équipé des accessoires suivant :
Le plateau dispose d’un cytomètre en image : Image Stream X Mark II (Merck-Luminex). Cet appareil est équipé de 3 objectifs (20x, 40x et 60x, de 3 lasers (405nm, 488nm et 642nm) et d’une caméra et peut donc lire 6 paramètres simultanément.
Les fichiers d’images constitués de dizaines de milliers d’images de cellules peuvent être analysés de manière routinière en utilisant le logiciel IDEAS : analyse jusqu’à 500 paramètres morphométriques et photométriques pour chaque image de cellule utilisant des algorithmes brevetés. Le logiciel est présent sur le plateau est utilisable sous conditions de réservation.
Couplé à une microscope inversé à fluorescence Zeiss
Couplé à une microscope inversé à fluorescence Nikon.
Machine de lithographie douce Gesim (Micro-Contact Printing – µCP)
Soft UV-NIL (Encrage, Séchage, Dépôt de molécules, Insolation UV)
Plasma oxygene micro-ondes DIENER Pico & étuve MEMMERT
Microscope droit avec champ sombre
Spin coater LAURELL WS-650-SZ
2 PSM avec filtre à charbon pour solvants
2 Incubateurs et 1 réacteur
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Spécifications |
Applications |
| 3 licences Imaris (Bitplane) | 3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking |
| 2 licences Amira (ThermoFisher) | 3D modeling, 3D & 4D image processing |
| 1 licence Vision 4D (Arivis) | 3D & 4D modeling, pixel & object classification |
| Serveur de licences Matlab (Mathworks) | Pixel & Object classification, workflow & automatic image processing, GUI implementation, database implementation |
| 3 licences NIS elements (Nikon) | 3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking, Volume analysis, High content analysis |
| Logiciels open-source Ilastik | Pixel & Object classification |
| Logiciels open-source Fiji | 2D, 3D & 4D image processing, Pixel & Object classification, 2D & 3D tracking, automatic image processing |
| Logiciel open-source Python | Pixel & Object classification, GUI implementation, database implementation |
| Licences Graphpad Prism | Statistical analysis of biological data |
| 3 licences Flowlogic | Flow Cytometry analysis |
| 5 licences Kaluza | Flow Cytometry analysis |
| 1 licence INSPIRE | Imaging Flow Cytometry analysis |
Spécifications
Applications
Spécifications
Applications
GeneAtlas system microarray – Affymetrix
FX96 Touch Real-Time PCR System- Biorad
StepOnePlus™ Système de PCR en temps réel – Biorad
Système LightCycler® 480 plateforme PCR – Biorad
Spécifications
Applications
Spécifications
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