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Gestion, Traitement et
Analyse des données

Dans le cycle de vie d’une donnée biologique, qui va de son acquisition jusqu’à la mise en forme de résultats, le traitement et l’analyse constituent une étape clef pour associer un sens à la donnée. L’analyse est donc un ensemble d’opérations mathématiques et statistiques dont le but est d’améliorer la qualité de la donnée, et d’en extraire l’information pertinente.

Qu’il s’agisse de données acquises sur ou hors site, la plateforme de gestion et d’analyse de données propose et met à disposition des utilisateurs un ensemble de compétences, de ressources machines et de ressources logicielles couvrant le domaine du traitement, de l’analyse, du développement instrumental ainsi que des mathématiques/statistiques, permettant ainsi de proposer une offre ciblée allant de la reconstruction des données brutes jusqu’à leur exploitation. Selon la demande de l’utilisateur, le personnel dédié évaluera les besoins et proposera un service adapté allant de l’accompagnement jusqu’à la mise en autonomie.
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EXPERTISES

  • Modélisation en 3D de tissus vivants : Imaris & Amira
  • Traitement d’images 3D en profondeur et résolues dans le temps : Fiji & Icy
  • Classification automatisée de pixels & d’objets : Ilastik, Vision4D & Matlab
  • Suivi d’objets résolus dans le temps, sur des images 2D ou 3D d’échantillons vivants : Imaris & Fiji
  • Automatisation pour le traitement de gros volumes de données : Matlab & Fiji
  • Analyse statistique de données biologiques : GraphPad Prism
  • Développement d’interfaces graphiques pour la visualisation et manipulation de données : Matlab
  • Analyse à haut débit et à haut contenu informatif : HCS Studio & Harmony
  • Développement de bases de données pour la gestion de données hétérogènes : Matlab, Sql, Php

EQUIPEMENTS

La plateforme s’appuie également sur un parc de stations d’analyses disposant de capacités de calcul – suffisantes pour l’analyse de grands volumes de données et de cartes graphiques performantes pour la modélisation et la visualisation d’images 3D & 4D à très haute résolution à l’aide des logiciels le plus performants du moment.

3 licences Imaris (Bitplane)

  • 3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking

2 licences Amira (ThermoFisher)

  • 3D modeling, 3D & 4D image processing

1 licence Vision 4D (Arivis)

  • 3D & 4D modeling, pixel & object classification
Suite Equipements
iLastik Machine Learning

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Plus
Mathieu Vigneau

Mathieu Vigneau

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins :

  • Conseils et accompagnement de l’utilisateur au travers des différentes étapes de traitement et d’analyse des données
  • Accompagnement sur l’utilisation des ressources matérielles et logicielles
  • Formation et mise en autonomie à l’utilisation des ressources logicielles
  • Développement sur demande de scripts spécifiques pour le traitement et l’analyse de gros volumes de données
  • Accompagnement, sous forme de collaboration, dans la mise en place de projets de recherche et de développement
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