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Imagerie

Un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois ou quatre dimensions des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose d’un panel d’instruments et d’expertises permettant de réaliser ce type d’analyse.

expertises

L’un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois dimensions et en profondeur des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose des instruments et de l’expertise permettant de réaliser ce type d’analyse.

TA-segmentation2 Ci-dessus : deux reconstructions en 3 dimensions de l'ensemble du tissu adipeux inguinal de souris. En bas, la segmentation des différents compartiments cellulaires est mise en évidence.

SPIM

Un nouveau microscope basé sur une excitation à feuille de lumière, le SPIM (Selective Plane Illumination Microscope), permettant non seulement un sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur pour le vivant et offrant des possibilités d’acquisition en multi-vues, ouvre de nouvelles perspectives dans l’observation biologique. Cet équipement unique est aujourd’hui mis à la disposition de toute la communauté scientifique.

MacroSPIM

Le MacroSPIM, macroscope basé sur une excitation à feuille de lumière, permet de visualiser après transparisation, des tissus et des organes entiers par sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur. Il offre des possibilités d’acquisition en multivues, ouvre de nouvelles perspectives dans l’observation biologique. Cet équipement unique basé sur un développement mené à Barcelone (IRB), est aujourd’hui, au sein du CERT, mis à la disposition de toute la communauté scientifique.

Confocal biphotonique

Enfin, le CERT est également équipé avec un microscope confocal biphotonique.   L’utilisation à l’excitation d’un laser infrarouge utilisant des longueurs d’ondes plus élevées qu’en microscopie à fluorescence conventionnelle va permettre de pénétrer plus en profondeur dans des échantillons vivants et ainsi autoriser des acquisitions en 3D et en profondeur.

Des exemples de vidéos réalisées à l'aide de ces instruments

L’imagerie spectrale couplée au démixage linéaire est la technique de choix pour détecter et différencier des fluorophores dans un échantillon biologique, même dans les situations où il existe un chevauchement spectral. L'autofluorescence peut également être traitée comme un fluorophore distinct à résoudre du signal qui vous intéresse.

Microscopie confocale

Le CERT possède un microscope confocal et bi photonique AxioExaminer (LSM 880 Zeiss) équipé d’un laser pulsé Ti/Sa (Chohérent) (NLO) et de 3 lasers visibles. 

Ce microscope, grâce à la technologie QUASAR, offre le gros avantage de pouvoir réaliser une détection spectrale simultanée en un seul balayage. On peut ainsi, en une seule acquisition, sans perte de temps et sans décalage spatio-temporel, faire l’acquisition et parfaitement séparer plus de 4 fluorochromes dont les spectres se chevauchent.

  • Cette technologie permet également de s’affranchir du signal d’autofluorescence généré par les tissus.
  • Le système NLO donne par ailleurs accès au signal de génération de seconde harmonique (SHG) permettant ainsi de révéler notamment l’organisation des fibres de collagène de la matrice extracellulaire ou encore les stries des muscles squelettiques sans faire de marquage.
  • Ce matériel permet également de réaliser de l’imagerie 3D et 4D in vivo chez le petit animal.

Cette technologie permet de suivre au cours du temps des organismes vivants avec une résolution cellulaire.

Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM

La microscopie en temps réel consiste à imager au cours du temps avec une résolution cellulaire des échantillons vivants, maintenus dans des conditions de température et respiratoires compatibles avec la survie des échantillons qu’il s’agissent de cultures cellulaires ou bien d’organismes entiers (souris, poissons, drosophiles) en passant par des explants tissulaires ou des sphéroïdes.

Nous disposons sur le plateau des équipements nécessaires permettant de réaliser ce type d’imagerie (Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM) adossés aux modules de contrôle des paramètres de survie des échantillons  (chambres thermostatées, CO2, système d’anesthésie, respiratoire et de monitoring du petit animal).

CONTACT

Corinne Barreau

Responsable Imagerie Confocale
Claire Dupont Imagerie

Claire Dupont

Responsable Imagerie Champs Large, Incucyte et Feuille de lumière

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.