Les journées scientifiques @ RESTORE

20 et 21 juin 2022 : Les journées scientifiques de RESTORE à la faculté de chirurgie Dentaire.

Vue d’ensemble des travaux menés au sein de l’institut, le comité d’animation scientifique a proposé de diviser ces journées entre des ateliers dynamiques et des sessions posters.

Au cours des 6 ateliers dynamiques brillamment animés (merci à tous les chairmans!), nous avons pu assister à de belles présentations de l’ensemble des participants sur des sujets variés qui sont le reflet de la multidisciplinarité de RESTORE.

Lors des très appréciées (malgré la chaleur!) sessions posters de nombreuses discussions ont pu être initiées autour de l’ensemble des thématiques scientifiques et technologiques abordées au sein de RESTORE.

Nous retiendrons de ces journées la multitude de projets développés à RESTORE, les projets transverses inter-équipes, les technologies de pointes mises en place et les nombreuses têtes d’ampoules du labo !!!

Merci à tous les organisateurs et les participants d’avoir joué le jeu des présentations et des discussions, un grand merci aussi à la faculté de chirurgie dentaire de nous avoir prêté les locaux pour permettre un évènement de cette ampleur!

 

Amphi

Amphi B

amphi B de la faculté de dentaire. Attention Luc, Philippe veille!

Amphi 2

Amphi B

amphi B toujours, le fond de la salle dissipé comme d'habitude en amphi!

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Posters

La cohue des posters, ambiance tropicale!

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Posters

Les discussions s'entament!

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Posters

childerick, toujours ultra-connecté, même pour les posters!

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Collation

Collation de midi par Demoulin Traiteur

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Castore NS

Et un grand merci au comité d'animation non-scientifique de RESTORE pour la soirée de conclusion!

Le LabHPEC fait peau neuve

Sécurisation des opérateurs et des données – le LabHPEC fait peau neuve

Le LabHPEC (Laboratoire d’HistoPathologie Expérimentale et Comparée) de l’ENVT fait peau neuve avec la sécurisation de ses installations face au risque chimique, l’amélioration des conditions de travail et l’optimisation de son système de traçabilité.  

Le LabHPEC est le premier laboratoire académique français en anatomie pathologique reconnu conforme aux BPL (Bonnes Pratiques de Laboratoire) par l’Agence Française de Sécurité des Médicaments (ANSM).

Positionné sur le campus de l’ENVT au sein de l’institut de recherche RESTORE du pôle Biosanté Toulousain et de l’infrastructure nationale ECellFrance de médecine régénérative et thérapie cellulaire, c’est un acteur académique français majeur dans la conduite des phases non-cliniques réglementaires BPL pour le développement de médicaments humains de thérapies innovantes (MTI).

Dans ce contexte de développement de ses activités et pour offrir un service toujours plus professionnel à ses clients, le projet réalisé avait pour objectif d’aboutir à :

  • Un cadre sécurisé face aux risques chimiques d’exposition des opérateurs, lié à la nature de la technique histologique, par l’installation d’un système de ventilation et d’extraction d’air spécifique et conforme à la règlementation pour l’ensemble du processus technique ;
  • Une meilleure ergonomie de travail sur l’ensemble des postes d’activité grâce à un mobilier spécialisé haut de gamme ;
  • Un investissement dans des matériels de traçabilité des échantillons analysés (graveuses de blocs et de lames) et dans la personnalisation d’un logiciel de management de l’activité de laboratoire.

Cet ambitieux projet a pu être mis en œuvre grâce à un financement de la région Occitanie et du FEDER (Fond Européen), obtenu au titre des « Plateforme Régionale de Recherche et d’Innovation » en partenariat avec le laboratoire STROMALab (Unité de Recherche CNRS ERL5311, EFS, ENVT, Inserm U1031, UPS) et la société CellEasy, dans le contexte de leur participation à la filière de médecine régénérative toulousaine. Cet investissement permet au LabHPEC de conforter sa position de plateforme de référence pour la réalisation d’études histopathologiques réglementaires non cliniques pour les médicaments humains, et plus particulièrement pour les médicaments de thérapie innovante (MTI).

L’ensemble des éléments acquis seront mis à disposition pour la réalisation des missions de l’ENVT dans les domaines de l’enseignement, de la recherche et de la prestation diagnostique d’histopathologie.

Aller plus loin

Télécharger le communiqué :

Contact Presse : Virginie FERNANDEZ

Une nouvelle publication sur le brevet TLR4 (FR 1663344)

Publication d’article : Toll-like receptor 4 selective inhibition in medullar microenvironment alters multiple myeloma cell growth

Toll-like receptor 4 selective inhibition in medullar microenvironment alters multiple myeloma cell growth.
DOI: 10.1182/bloodadvances.2020003704

Lea Lemaitre, Malik Hamaidia, Jean-Gerard Descamps, Laura Do Souto Ferreira, Marie Joubert, Melanie Gadelorge, Hervé Avet-Loiseau, Arthur Justo, Nicolas Reina, Frederic Deschaseaux, Ludovic Martinet, Philippe Bourin, Jill Corre, Nicolas Espagnolle.

Résumé

Publication d’un nouvel article consolidant le brevet FR1663344 sur le TLR4 dans le Myélome Multiple, dans “Blood Advances”, revue scientifique dédiée à l’immunohématologie et aux maladies hématopoïétiques. Ce brevet soumis par l’EFS en 2016 met en lumière le fait de cibler le microenvironnement de la moelle osseuse de patients atteints de Myélome Multiple (maladie incurable caractérisée par l’envahissement de plasmocytes cancéreux au niveau de la moelle osseuse) via la molécule TLR4. En bloquant cette molécule, d’une part chez l’humain, les cellules cancéreuses prolifèrent moins et sont plus sensibles aux traitements de chimiothérapies conventionnels. D’autre part, in vivo dans un modèle murin de MM, l’antagoniste de TLR4 freine la maladie. Ainsi en altérant le microenvironnement médullaire, il est possible d’impacter l’évolution de cette maladie hématopoïétique.

Cette nouvelle publication vient valoriser le travail initié par Philippe Bourin et Nicolas Espagnolle (EFS Toulouse) il y a 10 ans. Elle permet également de consolider le brevet pour aider au transfert de technologie avec l’industrie. L’objectif de cette démarche étant de trouver un partenaire industriel qui souhaiterait investir dans le projet pour initier les phases précliniques et cliniques qui permettront in fine d’intégrer cette approche au parcours de soin des patients.

De G à D : Nicolas ESPAGNOLLE, Jean-Gérard DESCAMPS

Aller plus loin

Article complet pré-publication :

Contact : Nicolas ESPAGNOLLE

Offre d’emploi Ingénieur.e Bioinformaticien.ne

National Cancer Institute - Unsplash

Ingénieur.e Bioinformaticien.ne : Projet INSPIRE

Ville : Toulouse, France

Corps : Ingénieur.e Bioinformaticien.ne

Remunération : 2403,93 brut mensuel mini.

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 8 mois à partir de janvier 2022

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

La personne recrutée participera au sein de l’unité au projet structurant INSPIRE qui a pour
objectif de mieux comprendre les processus biologiques du vieillissement et ainsi définir un âge
physiologique au-delà du simple âge civil ou chronologique et l’identification de biomarqueurs du
vieillissement. Sa mission sera de concevoir et d’organiser la collecte et le traitement de données
sous la responsabilité d’un référent scientifique.


Activités principales :


• Définir le plan d’étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé
• Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d’information
permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données hétérogènes
(numériques, image …)
• Concevoir les modèles mathématiques /informatiques adaptés
• Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en oeuvre des méthodes d’études et
d’interprétation des résultats
• Analyser les données issues de travaux de recherche expérimentale et clinique
• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports,
brevets, publications, présentations orales
• Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et
de traitement de données
• Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques de
l’analyse des données biologiques
• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité

Contexte de travail

Connaissances :

• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie) Informatique
appliquée (connaissance approfondie) : Programmation R, Python, SQL
• Bioinformatique : Analyse de séquences, annotations taxonomiques et fonctionnelles,
interprétation de données de masse…
• Statistiques : Description et visualisation des données, tests pairés, modèles mixtes,
modèles linéaires, ANOVA, ACP, clustering…
• Des connaissances en machine learning seraient appréciées pour le traitement de
données hétérogènes (SVM, random forest, réseaux convolutionnels …)
• Cadre légal et déontologique
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire :

• Concevoir un plan d’échantillonnage
• Organiser et manipuler de grandes bases de données
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats
• Concevoir des outils d’analyse ouverts et pédagogiques

Aptitudes :

• Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs
• Autonomie
• Esprit d’équipe
• Rigueur
• Excellent relationnel
• Leadership

Informations complémentaires

Date de prise de fonction Janvier 2022 Durée 8 mois


Temps de travail : 

Temps plein
38.30 heures hebdomadaires

32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT

Rémunération :

A partir de 2403,93 bruts mensuels en fonction de l’expérience professionnelle sur des postes de niveau
équivalent.

CONTACT

Envoyer CV + Lettre de motivation à :

Anastasia PACARY représente RESTORE à la NEDC 2021 à Toulouse

La traditionnelle Nuit Européenne des Chercheurs reprend cette année!

Aperçu

Notre Doctorante Anastasia PACARY représentera le laboratoire lors de la Nuit Européenne des Chercheurs qui aura lieu au Quai des savoirs à Toulouse sur le thème du Voyage!

Retrouvez la ce vendredi 24 septembre entre 21h30 et 22h30 au stand Speed Searching.

 

En savoir plus

Plus de détails sur le site de la Nuit Européenne des Chercheurs à Toulouse:

Publication d’article : Le macrophage résident, chef d’orchestre du processus de régénération

Dans le règne animal, plusieurs espèces ont la capacité de régénérer complètement la structure et la fonction de parties complexes de leur corps après une amputation ou une lésion.

Aperçu

Chez le mammifère et l’Homme adultes, ces capacités régénératives sont complètement perdues. L’objectif de ce travail a été de déterminer les mécanismes cellulaires à l’origine de la régénération afin d’identifier les verrous qui le bloquent chez le mammifère adulte. Les résultats sont publiés dans la revue NPJ Regenerative Medicine.

La réparation tissulaire à la suite d’une lésion est un processus complexe qui conduit chez certains vertébrés comme les amphibiens à la régénération des tissus, ce qui permet la récupération d’une structure et de fonctions identiques au tissu originel. Chez le mammifère et l’Homme adultes, la réparation tissulaire conduit le plus souvent à une cicatrisation associée à une perte de fonction du tissu lésé. La compréhension des mécanismes qui contrôlent l’issue de la réparation tissulaire et bloquent la régénération chez le mammifère adulte est donc un enjeu majeur.

 

 

 

Driving regeneration, instead of healing, in adult mammals: the decisive role of resident macrophages through efferocytosis.
Lise Rabiller, Virginie Robert, Adèle Arlat, Elodie Labit, Marielle Ousset, Marie Salon, Agnès Coste, Léa Da Costa-Fernandes, Paul Monsarrat, Bruno Ségui, Mireille André, Christophe Guissard, Marie-Laure Renoud, Marine Silva, Gilles Mithieux, Isabelle Raymond-Letron, Luc Pénicaud, Anne Lorsignol, Louis Casteilla, Cécile Dromard Berthézène, Béatrice Cousin

NPJ Regenerative Medicine 3aout 2021. https://doi.org/10.1038/s41536-021-00151-1

En savoir plus

Plus de détails sur le site de l’INSB :

Offre d’emploi Doctorant

National Cancer Institute - Unsplash

Doctorant (H/F) en recherche pluridisciplinaire : Physiopathologie et traitement de données mathématiques

Ville : Toulouse, France

Corps : Doctorant

Remunération : 2 135€ brut mensuel

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 36 mois à partir du 1 octobre 2021

Quote : Temps complet

Description du sujet de thèse

Le but à terme du projet global est de construire un modèle numérique de simulation 3D pour identifier, mimer et étudier les mécanismes endogènes auto-organisateurs de la reconstruction tissulaire post-traumatique ou survenue au cours du vieillissement chez le mammifère adulte.

Les types d’auto-organisation qui prévalent dans un tissu adulte à l’équilibre et dans un tissu en construction peuvent être assimilés à des transitions de phase. Plus spécifiquement, le tissu sera considéré comme un système complexe composé d’un ensemble d’agents (fibres, cellules, réseaux), interagissant selon des règles heuristiques inspirées des systèmes complexes sociaux.

Le but est d’identifier les processus en jeu dans la reconstruction tissulaire après rupture, au travers du concept de transitions de phases déclenchées par des boucles de rétroaction positives entre les divers éléments énergétiques du système (mécanique, métabolique, chimique etc).

Le modèle multi-agent développé précédemment au sein de l’équipe servira de point de départ et sera modifié pour prendre en compte divers éléments énergétiques. Ceci impliquera des développements en modélisation mathématiques, simulations numériques, techniques d’analyse d’image et calibration/comparaison avec les données expérimentales.

Contexte de travail

L’équipe d’accueil est reconnue internationalement pour son expertise en médecine régénérative, basée sur la connaissance et l’utilisation des cellules stromales mésenchymateuses.

Elle a publié le premier essai sur l’utilisation des cellules stromales du tissu adipeux pour le traitement de l’ischémie critique des membres inférieurs. Elle a mis en place un processus de production de cellules et une plateforme labellisée de contrôle qualité dans le cadre de l’infrastructure nationale ECellFrance pour assurer la sécurité et le contrôle de la qualité des cellules et des tests in vivo de biosécurité des cellules thérapeutiques.

Elle a également démontré que le tissu adipeux est un réservoir physiologique et thérapeutique de cellules souches utilisables en thérapie cellulaire. Elle a mis au point un modèle très original de régénération tissulaire chez le mammifère adulte qui permet de calibrer et tester des hypothèses originales (Labit et al, Sci. Rep., 2018). Elle est à l’origine des questions biologiques qui ont conduit au premier modèle mathématique publié pour l’émergence de structure (Peurichard et al, J Theor Biol, 2017) et des processus de réparation (Peurichard et al, J Theor Biol, 2019). Elle apportera une connaissance longitudinale liée aux processus de régénération et réjuvénation.

Ce projet multi-disciplinaire est en collaboration avec des équipes de mathématiciens (IMT Toulouse, INRIA Paris) qui s’intéressent aux dynamiques collectives, à la prise de décision et à l’auto-organisation dans les systèmes complexes issus de la biologie et des sciences sociales et une équipe de physiciens (LAAS CNRS Toulouse). Les méthodes utilisées combinent l’analyse, la théorie asymptotique et les techniques numériques multi-échelles.

La réunion de ces deux équipes permettra d’allier les compétences dans la biologie des cellules souches, du stroma et de l’homéostasie tissulaire, et les récents progrès du traitement moderne des données, permettant de faire de la régénération d’organes entier un objectif réaliste et réalisable.

Informations complémentaires

Profil : Le profil recherché est celui d’un(e) étudiant(e) sortant de master disposant de bonnes bases en physique appliquées avec un fort intérêt en biologie.

Le (la) candidat(e) aura en particulier un bon bagage numérique (maîtrise de la programmation sous R et python) lui permettant d’être rapidement autonome dans la mise en œuvre des développements scientifiques envisagés. Il disposera également d’une bonne capacité de communication à la fois écrite et orale en français et en anglais. Des échanges et des déplacements sont prévus avec nos partenaires anglais.

Recrutement : La personne recrutée commencera son contrat en Octobre 2021. Le dossier de candidature sera constitué des pièces suivantes :
o Curriculum vitae détaillé
o Copie des relevés de notes en M1, M2 et rang de classement
o Lettres de recommandations s’il y a lieu

CONTACT

Candidatures sur le site du CNRS :

Bienvenue à Jean NAKHLE

Bienvenue à Jean NAKHLE!

PARCOURS de JEAN

« J’ai effectué une licence suivie d’un master en biochimie à l’Université Libanaise avant de venir en France pour poursuivre un master en Cancer Biology à l’Université de Montpellier. Mon stage de master 2 a eu lieu à l’Institut de Médecine Régénératrice et de Biothérapie (IRMB) dans l’équipe du Professeur Christian Jorgensen, durant lequel j’ai participé à la conception de circuits microfluidiques afin de mettre en évidence le transfert de mitochondries des cellules souches mésenchymateuses vers les cellules souches de glioblastome, médié par les tunneling nanotubes.

J’ai ensuite obtenu une bourse MESRI pour effectuer mon doctorat, en co-direction entre l’équipe du Professeur Jorgensen et celle du Dr. Naomi Taylor (Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier, IGMM), durant lequel je me suis intéressé au dialogue entre les cellules cancéreuses et leur microenvironnement, et ses conséquences sur la réponse à la thérapie. J’ai pu montrer que l’acquisition des mitochondries des cellules souches mésenchymateuses augmente la résistance des cellules souches de glioblastome à la chimiothérapie, et ce à travers une reprogrammation métabolique qui consiste, entre autres, en une augmentation de l’oxydation phosphorylante et de l’utilisation de la glutamine pour synthétiser les intermédiaires du cycle de Krebs et les pyrimidines.

Toujours dans l’optique de comprendre les effets du dialogue métabolique, ce qui s’inscrit dans la continuité directe de mes travaux de thèse, j’ai rejoint l’équipe 3 Metabolink à l’institut Restore, afin d’entreprendre mon post doctorat sous la direction des Docteurs Isabelle Ader et Audrey Carrière, en collaboration étroite avec le Docteur Jean Emmanuel Sarry du Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse (CRCT). »

Offre D’emploi Research engineer / Postdoctoral fellow

National Cancer Institute - Unsplash

Research scientist position to study the role of metabolic dialogues in drug resistance of acute myeloid leukemia

City : Toulouse, France​

Corps : Research engineer/Postdoctoral fellow

Remuneration : According to the Inserm index grid and experience

Type of Contract : Fixed term contract (1 year, renewable twice)

Quote : Full time

TITLE AND OBJECTIVE OF THE PROJECT

Despite an improvement in the complete response rate obtained after conventional chemotherapy, overall survival of acute myeloid leukemia (AML) patients is still poor due to relapses caused by tumor regrowth initiated by drug resistant leukemic clones. The project aims at elucidating how the metabolic dialogue between the stromal compartment and leukemic blasts can contribute to the onset of drug resistance and to identify metabolic targets to overcome it.

MISSIONS

The scientist will be involved in a highly collaborative project between the RESTORE (“Metabolic interplay and age-associated loss of function”) and CRCT (“Oncometabolism and Drug Resistance in Acute Myeloid Leukemia”) teams. Using patient derived xenograft models well handled by the CRCT team headed by Jean-Emmanuel Sarry, the candidate will be highly involved in the establishment of a precise cellular and metabolic mapping of stromal cells and AML blasts, not only in the bone marrow but also in several extramedullary organs.

She/he will also be devoted to unravel the metabolic interactions existing between stromal cells including mesenchymal stromal cells and adipocytes, and blasts, and their role in the development of chemoresistance. Her/his work will be done in close collaboration with students and engineers working on the project, especially the bioinformatic engineer also recruited through the grant.

General responsibilities include design, implement and interpret experiments, both independently and in collaboration, and communicate research and findings in a clear and concise manner. The candidate will present the progress of the project during bi-monthly meetings between the two teams, as well as during national and international conferences.

QUALIFICATIONS REQUIRED
  • A PhD degree preferably in biochemistry or cell biology and physiology
  • Expertise in the field of metabolism and stromal cellbiology (in particular adipocytes and mesenchymal stromal cells) will be highly prioritized
  • Handson experience on in vivo(mice) experiments, confocal imaging, multicolor flow cytometry, oxygraphyand cell culture of mammalian primary cells
  • Experience in the interpretation of mass spectrometry data obtained from metabolomics and isotope (13Cmetabolites) tracing experiments is an asset
  • Knowledge in histology, quantitative PCR, and general lab protocols and methodologies used in the biological sciences
  • Computational expertiseincluding experience with image analysis, FlowJo, Prism, and Excel. Mastery of R and Python would be a plus
  • High levels of initiative, autonomy and the ability to assumea high level of responsibility
  • Strong interpersonal and mentoring skills needed to effectively deal with students andpeople of the two collaborating groupsGood levelin Englishis requiredas members of the teams are native English speakers
EMPLOYMENT

Starting on June2021, the job position is funded for 12months renewabletwice. The application should include:

  • Letter of motivation with a short description of the applicant’s previous research and why the applicant considers her/himself a good match for the position (1-2 pages).
  • Curriculum vitae, including a description of relevant skills and experiences, aswell as a full publication list.
  • Copy of PhD diploma.
  • Names, e-mail addresses and telephone numbers to 2-3 references.

CONTACT

Application should be sent to Audrey Carrière and Isabelle Ader before April 30th, 2021.