Offre d’emploi Ingénieur.e Bioinformaticien.ne

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Ingénieur.e Bioinformaticien.ne : Projet INSPIRE

Ville : Toulouse, France

Corps : Ingénieur.e Bioinformaticien.ne

Remunération : 2403,93 brut mensuel mini.

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 8 mois à partir de janvier 2022

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

La personne recrutée participera au sein de l’unité au projet structurant INSPIRE qui a pour
objectif de mieux comprendre les processus biologiques du vieillissement et ainsi définir un âge
physiologique au-delà du simple âge civil ou chronologique et l’identification de biomarqueurs du
vieillissement. Sa mission sera de concevoir et d’organiser la collecte et le traitement de données
sous la responsabilité d’un référent scientifique.


Activités principales :


• Définir le plan d’étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé
• Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d’information
permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données hétérogènes
(numériques, image …)
• Concevoir les modèles mathématiques /informatiques adaptés
• Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en oeuvre des méthodes d’études et
d’interprétation des résultats
• Analyser les données issues de travaux de recherche expérimentale et clinique
• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports,
brevets, publications, présentations orales
• Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et
de traitement de données
• Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques de
l’analyse des données biologiques
• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité

Contexte de travail

Connaissances :

• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie) Informatique
appliquée (connaissance approfondie) : Programmation R, Python, SQL
• Bioinformatique : Analyse de séquences, annotations taxonomiques et fonctionnelles,
interprétation de données de masse…
• Statistiques : Description et visualisation des données, tests pairés, modèles mixtes,
modèles linéaires, ANOVA, ACP, clustering…
• Des connaissances en machine learning seraient appréciées pour le traitement de
données hétérogènes (SVM, random forest, réseaux convolutionnels …)
• Cadre légal et déontologique
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire :

• Concevoir un plan d’échantillonnage
• Organiser et manipuler de grandes bases de données
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats
• Concevoir des outils d’analyse ouverts et pédagogiques

Aptitudes :

• Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs
• Autonomie
• Esprit d’équipe
• Rigueur
• Excellent relationnel
• Leadership

Informations complémentaires

Date de prise de fonction Janvier 2022 Durée 8 mois


Temps de travail : 

Temps plein
38.30 heures hebdomadaires

32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT

Rémunération :

A partir de 2403,93 bruts mensuels en fonction de l’expérience professionnelle sur des postes de niveau
équivalent.

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Offre d’emploi Doctorant

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Doctorant (H/F) en recherche pluridisciplinaire : Physiopathologie et traitement de données mathématiques

Ville : Toulouse, France

Corps : Doctorant

Remunération : 2 135€ brut mensuel

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 36 mois à partir du 1 octobre 2021

Quote : Temps complet

Description du sujet de thèse

Le but à terme du projet global est de construire un modèle numérique de simulation 3D pour identifier, mimer et étudier les mécanismes endogènes auto-organisateurs de la reconstruction tissulaire post-traumatique ou survenue au cours du vieillissement chez le mammifère adulte.

Les types d’auto-organisation qui prévalent dans un tissu adulte à l’équilibre et dans un tissu en construction peuvent être assimilés à des transitions de phase. Plus spécifiquement, le tissu sera considéré comme un système complexe composé d’un ensemble d’agents (fibres, cellules, réseaux), interagissant selon des règles heuristiques inspirées des systèmes complexes sociaux.

Le but est d’identifier les processus en jeu dans la reconstruction tissulaire après rupture, au travers du concept de transitions de phases déclenchées par des boucles de rétroaction positives entre les divers éléments énergétiques du système (mécanique, métabolique, chimique etc).

Le modèle multi-agent développé précédemment au sein de l’équipe servira de point de départ et sera modifié pour prendre en compte divers éléments énergétiques. Ceci impliquera des développements en modélisation mathématiques, simulations numériques, techniques d’analyse d’image et calibration/comparaison avec les données expérimentales.

Contexte de travail

L’équipe d’accueil est reconnue internationalement pour son expertise en médecine régénérative, basée sur la connaissance et l’utilisation des cellules stromales mésenchymateuses.

Elle a publié le premier essai sur l’utilisation des cellules stromales du tissu adipeux pour le traitement de l’ischémie critique des membres inférieurs. Elle a mis en place un processus de production de cellules et une plateforme labellisée de contrôle qualité dans le cadre de l’infrastructure nationale ECellFrance pour assurer la sécurité et le contrôle de la qualité des cellules et des tests in vivo de biosécurité des cellules thérapeutiques.

Elle a également démontré que le tissu adipeux est un réservoir physiologique et thérapeutique de cellules souches utilisables en thérapie cellulaire. Elle a mis au point un modèle très original de régénération tissulaire chez le mammifère adulte qui permet de calibrer et tester des hypothèses originales (Labit et al, Sci. Rep., 2018). Elle est à l’origine des questions biologiques qui ont conduit au premier modèle mathématique publié pour l’émergence de structure (Peurichard et al, J Theor Biol, 2017) et des processus de réparation (Peurichard et al, J Theor Biol, 2019). Elle apportera une connaissance longitudinale liée aux processus de régénération et réjuvénation.

Ce projet multi-disciplinaire est en collaboration avec des équipes de mathématiciens (IMT Toulouse, INRIA Paris) qui s’intéressent aux dynamiques collectives, à la prise de décision et à l’auto-organisation dans les systèmes complexes issus de la biologie et des sciences sociales et une équipe de physiciens (LAAS CNRS Toulouse). Les méthodes utilisées combinent l’analyse, la théorie asymptotique et les techniques numériques multi-échelles.

La réunion de ces deux équipes permettra d’allier les compétences dans la biologie des cellules souches, du stroma et de l’homéostasie tissulaire, et les récents progrès du traitement moderne des données, permettant de faire de la régénération d’organes entier un objectif réaliste et réalisable.

Informations complémentaires

Profil : Le profil recherché est celui d’un(e) étudiant(e) sortant de master disposant de bonnes bases en physique appliquées avec un fort intérêt en biologie.

Le (la) candidat(e) aura en particulier un bon bagage numérique (maîtrise de la programmation sous R et python) lui permettant d’être rapidement autonome dans la mise en œuvre des développements scientifiques envisagés. Il disposera également d’une bonne capacité de communication à la fois écrite et orale en français et en anglais. Des échanges et des déplacements sont prévus avec nos partenaires anglais.

Recrutement : La personne recrutée commencera son contrat en Octobre 2021. Le dossier de candidature sera constitué des pièces suivantes :
o Curriculum vitae détaillé
o Copie des relevés de notes en M1, M2 et rang de classement
o Lettres de recommandations s’il y a lieu

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Candidatures sur le site du CNRS :

Offre D’emploi Research engineer / Postdoctoral fellow

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Research scientist position to study the role of metabolic dialogues in drug resistance of acute myeloid leukemia

City : Toulouse, France​

Corps : Research engineer/Postdoctoral fellow

Remuneration : According to the Inserm index grid and experience

Type of Contract : Fixed term contract (1 year, renewable twice)

Quote : Full time

TITLE AND OBJECTIVE OF THE PROJECT

Despite an improvement in the complete response rate obtained after conventional chemotherapy, overall survival of acute myeloid leukemia (AML) patients is still poor due to relapses caused by tumor regrowth initiated by drug resistant leukemic clones. The project aims at elucidating how the metabolic dialogue between the stromal compartment and leukemic blasts can contribute to the onset of drug resistance and to identify metabolic targets to overcome it.

MISSIONS

The scientist will be involved in a highly collaborative project between the RESTORE (“Metabolic interplay and age-associated loss of function”) and CRCT (“Oncometabolism and Drug Resistance in Acute Myeloid Leukemia”) teams. Using patient derived xenograft models well handled by the CRCT team headed by Jean-Emmanuel Sarry, the candidate will be highly involved in the establishment of a precise cellular and metabolic mapping of stromal cells and AML blasts, not only in the bone marrow but also in several extramedullary organs.

She/he will also be devoted to unravel the metabolic interactions existing between stromal cells including mesenchymal stromal cells and adipocytes, and blasts, and their role in the development of chemoresistance. Her/his work will be done in close collaboration with students and engineers working on the project, especially the bioinformatic engineer also recruited through the grant.

General responsibilities include design, implement and interpret experiments, both independently and in collaboration, and communicate research and findings in a clear and concise manner. The candidate will present the progress of the project during bi-monthly meetings between the two teams, as well as during national and international conferences.

QUALIFICATIONS REQUIRED
  • A PhD degree preferably in biochemistry or cell biology and physiology
  • Expertise in the field of metabolism and stromal cellbiology (in particular adipocytes and mesenchymal stromal cells) will be highly prioritized
  • Handson experience on in vivo(mice) experiments, confocal imaging, multicolor flow cytometry, oxygraphyand cell culture of mammalian primary cells
  • Experience in the interpretation of mass spectrometry data obtained from metabolomics and isotope (13Cmetabolites) tracing experiments is an asset
  • Knowledge in histology, quantitative PCR, and general lab protocols and methodologies used in the biological sciences
  • Computational expertiseincluding experience with image analysis, FlowJo, Prism, and Excel. Mastery of R and Python would be a plus
  • High levels of initiative, autonomy and the ability to assumea high level of responsibility
  • Strong interpersonal and mentoring skills needed to effectively deal with students andpeople of the two collaborating groupsGood levelin Englishis requiredas members of the teams are native English speakers
EMPLOYMENT

Starting on June2021, the job position is funded for 12months renewabletwice. The application should include:

  • Letter of motivation with a short description of the applicant’s previous research and why the applicant considers her/himself a good match for the position (1-2 pages).
  • Curriculum vitae, including a description of relevant skills and experiences, aswell as a full publication list.
  • Copy of PhD diploma.
  • Names, e-mail addresses and telephone numbers to 2-3 references.

CONTACT

Application should be sent to Audrey Carrière and Isabelle Ader before April 30th, 2021.