Appel à candidatures pour le poste de Directeur-trice d’Unité

Directeur-trice d'unité de recherche

Description du poste

Le Centre de recherches RESTORE est un jeune institut (création en janvier 2021 sous l’égide de l’INSERM, du CNRS, de l’EFS, de l’Université Toulouse III et de l’ENVT) qui aborde de façon pluridisciplinaire l’étude de l’homéostasie tissulaire chez l’adulte, son vieillissement (normal et/ou pathologique) et les stratégies de réjuvénation possibles.

L’étude de déterminants majeurs que sont le stroma, l’inflammation et le métabolisme (SIM) dans une approche globale de gérosciences permet à la fois l’exploration des mécanismes fondamentaux de la perte de fonction liée à l’âge mais aussi une activité translationnelle importante visant à restaurer cette perte de fonction par des approches de pharmacologie et de médecine régénératrice. L’originalité du laboratoire est la façon de penser une science transdisciplinaire et multiculturelle (au-delà de la seule biologie) et de porter un projet unique avec le développement de modèles originaux communs et le recueil des données pour une analyse globale, multi-échelle et inter-organe. L’application rapide est favorisée à travers des liens étroits avec les services cliniques (Gérontopole, cohorte INSPIRE) et des plateformes de valorisation (le laboratoire héberge une plateforme intégrée dans le projet d’infrastructure nationale EcellFrance dédié à la médecine régénératrice à partir de cellules souches adultes).

RESTORE est organisé en 4 équipes de recherche (voir onglet recherche ci-dessus), auxquelles sont adossées des équipes partenaires provenant de champs disciplinaires autres que la biologie (mathématiques, physique, chimie, informatique), un centre d’expertise et de ressources technologiques (CERT) ainsi qu’une zootechnie dédiée aux modèles de vieillissement (dont le poisson killifish unique en France).

En complément du support technologique, les services généraux contribuent au fonctionnement du centre. Ces services de support incluent la gestion administrative et financière en lien avec les différentes tutelles, un magasin, un service logistique/technique/informatique, de même que différentes cellules : animation scientifique, RPS et prévention, et Ethique.

La directrice ou le directeur de RESTORE devra être un.e scientifique ou un.e clinicien.ne de notoriété nationale et internationale. Elle/Il devra démontrer une capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire et posséder une solide connaissance du système de recherche français.  

Contexte de travail

Elle/Il aura pour mission :

1- de porter le projet de recherche de l’institut et de définir une stratégie scientifique innovante pour le développement de RESTORE,

2- d’assurer le bon fonctionnement de l’institut par la gestion adéquate des moyens mis à disposition par les tutelles et

3- d’accompagner l’évolution de l’institut face aux changements/défis sociétaux.

Le/la directeur(trice) sera accompagné(e) par un comité de direction formé de(s) directeur(trice)(s) adjoint(e)s, d’un(e) secrétaire général(e), des chefs d’équipe et du responsable du CERT.

Il/Elle pourra également compter sur le conseil de laboratoire pour l’aider dans ses fonctions.

Avant même de prendre ses fonctions au 1er janvier 2027, le/la directeur(trice) portera le projet de renouvellement de l’institut dès 2024 en collaboration avec la direction actuelle. Bien que l’appartenance à un EPST ou un EPSCP soit un avantage, l’accompagnement d’un candidat non statutaire pourra être considéré.

Informations complémentaires

Les candidatures éligibles seront examinées par le comité de direction.

Les entretiens des candidats ou candidates éligibles se tiendront fin 2023 et une présentation du projet du ou des candidat(s) à l’unité sera programmée avant la fin de l’année 2023.

Les candidatures doivent être adressées avant le 15 septembre 2023 en un seul fichier format PDF incluant un CV détaillé et une lettre de motivation.

CONTACT

Mr Philippe VALET (Directeur d’Unité)

Assistant.e ingénieur.e en expérimentation et instrumentation biologiques H/F

ARIA FUSION
Assistant.e ingénieur.e en expérimentation et instrumentation biologiques H/F

Ville : Toulouse, France

Corps : Assistant.e ingénieur.e

Remunération : voir grilles indiciaire des fonctionnaires

Type de contrat : Mobilité interne INSERM

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

Au sein du Centre de Ressources et d’Expertises Technologiques de RESTORE (CERT)
l’assistant.e ingénieur.e aura pour mission de :
1 – réaliser les expériences de cytométrie et assister les utilisateurs du plateau de cytométrie ;
2 – participer au bon fonctionnement du plateau ;
3 – former les nouveaux utilisateurs ;
4 – développer l’utilisation de l’analyse non supervisée de données multiparamétriques.

Activités :

Activités principales :
– Assurer un support à la responsable du plateau de cytométrie RESTORE ;
– Assurer la formation des nouveaux utilisateurs sur les appareils d’analyse en libre-service ;
– Accompagner les utilisateurs dans la conception des panels d’anticorps, l’acquisition des
données et l’analyse de leurs expériences ;
– Réaliser en autonomie les expériences de tri cellulaire pour les utilisateurs ;
– Participer au bon fonctionnement du plateau de cytométrie ;
– Assurer les contrôles qualité sur les cytomètres et la maintenance de premier niveau des
appareils ;
– Assurer le suivi des maintenances du parc technique ;
– Participer à la gestion financière du plateau (tarification, devis, facturation) en accord avec
les règles comptables de l’organisme ;
– Appliquer et s’assurer de l’application des règles d’hygiène et sécurité ;
– Participer aux tâches communes (gestion des stocks et déchets, commandes, démarche
qualité…).

Contexte de travail

Compétences :

Connaissances approfondies en cytométrie en flux et en tri cellulaire ;
• Maîtrise des principes de la cytométrie en flux
• Utilisation de logiciels d’analyses de cytométrie en flux (Flow Jo, Flow Logic, Kaluza)
• Connaissances en biologie cellulaire
Institut national de la santé et de la recherche médicale 3
• Connaissances des normes qualités
Acquisitions et analyses en cytométrie en flux
• Tris cellulaires
• Aptitudes relationnelles : Capacité à transmettre clairement des informations, écouter activement,
interagir avec des communautés variées, et faire preuve d’ouverture d’esprit. Disponibilité.
Investissement dans le collectif.
• Aptitudes méthodologiques : rigueur et méticulosité dans la réalisation des protocoles, l’enregistrement
des échantillons, le suivi des expérimentations et le traitement des données.
• Sens de l’organisation (planification, priorisation, anticipation).
• Capacités d’adaptation et de réactivité.

Contraintes et risques :

La personne peut être amenée à travailler sur plusieurs sites : Campus Oncopole et Campus Rangueil (CHU et Université), les trajets entre les sites sont pris en charge (tikets tisséo/téléo)

Contexte de travail :

L’institut RESTORE est un centre de recherche multi-tutelles (Univ. Toulouse 3-Paul
Sabatier, CNRS, Inserm, EFS) situé sur le site Oncopole-Langlade de Toulouse. L’institut
compte actuellement plus de 140 collaborateurs répartis en quatre équipes de recherche et
un centre de ressources et d’expertises technologiques.

Le plateau de cytométrie est rattaché à la plateforme technologique Toulouse Réseau
Imagerie (TRI) du GIS GENOTOUL, labellisée IBiSa et certifiée Iso 9001 v2015 et NFX 50-
900 V2016.

Les équipements sont ouverts à l’ensemble de la communauté scientifique académique et
privée. Le plateau de cytométrie est équipé de trois cytomètres analyseurs (un Fortessa X20,
Macsquant Q10), d’un trieur de cellules (ARIA fusion) et d’un cytomètre en image (Image
Stream X).

Informations complémentaires

Date de prise de fonction juin 2023

Diplôme requis/ expériences appréciées :
• Niveau : Bac+2 minimum
• Expérience souhaitée en laboratoire

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Ingénieur.e d’Études en Analyses Chimiques H/F

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Ingénieur.e d'Études en Analyses Chimiques H/F

Ville : Toulouse, France

Corps : Ingénieur.e d'Études en Analyses Chimiques H/F

Remunération : 2213-2335 brut mensuel selon expérience

Type de contrat : CDD Technique/Administratif 23 mois à partir du 1er février 2023

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

Nous sommes à la recherche d’un(e) ingénieur(e) d’étude spécialisé(e) en métabolomique basée sur la spectrométrie de masse pour caractériser le métabolisme de cellules stromales mésenchymateuses issues de tissu adipeux in vitro. Ce projet aura pour but de déterminer les réseaux métaboliques spécifiques des cellules au cours des différentes phases de production et de différentes conditions de culture afin d’identifier des déterminants métaboliques clés pour l’optimisation du procédé de production et l’orientation phénotypique des cellules. Ces études seront réalisées dans l’équipe METABOLINK de l’institut RESTORE situé sur le site Langlade de Toulouse, en collaboration avec l’équipe GOT-IT, et en lien avec la plateforme MetaToul-MetaboHUB (www.metatoul.fr).

Activités :

Activités principales :
– Participer à la collecte et au suivi des échantillons biologiques,
– Participer à la mise en place des protocoles pour l’extraction des métabolites,
– Réaliser des analyses par spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS), en particulier sur un système LC-MS-Q-Exactive-plus et participer à la maintenance de cet instrument,
– Mettre au point les outils nécessaires à l’analyse des données générées,
– Mener l’analyse biostatistique et mettre en forme les résultats.

Activités associées :
– Travail en collaboration entre 2 équipes de l’Institut RESTORE (METABOLINK et GOT-IT) et en interaction avec les autres partenaires du projet, ainsi qu’avec la plateforme MetaToul-METABOHUB (www.metatoul.fr, analyses métaboliques),
– Gestion et organisation des moyens techniques dans le cadre de l’étude, incluant gestion des matériels et consommables, entretien et maintenance des équipements, formation des utilisateurs aux techniques développées, commandes, etc.,
– Rédaction de rapports d’expérience ou d’étude, de notes techniques, de protocoles de laboratoires, participation à la rédaction de publications,
– Communication (interne et externe) sur les données expérimentales,
– Participation au fonctionnement collectif de l’équipe et du laboratoire (gestion des stocks de consommables, participation au suivi des équipements, participation aux réunions d’équipe, taches collectives).

Contexte de travail

Compétences :

  • Connaissance scientifique dans le domaine de recherche : biochimie, chimie analytique,
  • Connaissances théoriques et pratiques en techniques analytiques séparatives, en particulier la chromatographie liquide à haute performance (HPLC) couplée à la spectrométrie de masse.
  • Expérience en métabolomique, de la préparation des échantillons à l’analyse des données. Des connaissances en fluxomique seraient un plus.
  • Capacité de réaliser des développements de protocoles analytiques en métabolomique non ciblée,
  • Notions en mathématiques, méthodes statistiques et programmation informatique (R ou Python),
  • Capacité d’organiser et de prioriser les tâches de travail et de fonctionner en tant que membre d’une équipe ; une expérience en gestion de projet serait un plus,
  • Connaissance de base en culture cellulaire serait un plus,
  • Travail en milieu confiné, protégé (connaissance des règles d’hygiène et de sécurité liées à la manipulation de produits chimiques, produits à risque biologique),
  • Communication, rédaction, transmission de savoir-faire technique,
  • ANGLAIS : compréhension orale : niveau I – Compréhension écrite : niveau II

Contraintes et risques :

La personne peut être amenée à travailler sur plusieurs sites : les sites RESTORE (Campus Oncopole et Campus Rangueil) et ceux de la plateforme MetaToul-MetaboHUB (Campus Rangueil), suivant les exigences des manipulations et des réunions.

Contexte de travail :

Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet OPTI-STEM qui vise à démocratiser l’accès à la thérapie cellulaire en France et en Europe, dans le cadre de la stratégie d’accélération « Biothérapies et bioproduction de thérapies innovantes » financée par l’Etat via Bpifrance et par la région Occitanie. Le projet OPTI-STEM vise à optimiser la production de cellules stromales mésenchymateuses dérivées des tissus adipeux (ASC) afin d’en démocratiser l’accès et ainsi permettre la diversification des applications thérapeutiques de ce type de cellules et de leurs dérivés (exosomes, etc.).

Informations complémentaires

Date de prise de fonction 1er Février 2023 Durée 23 mois

Diplôme requis/ expériences appréciées :
• Niveau : Ingénieur
• Expérience souhaitée en laboratoire,
• Expérience souhaitée 1 à 4 ans

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Assistant.e ingénieur.e Biochimie H/F

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Assistant.e ingénieur.e Bichimie H/F

Ville : Toulouse, France

Corps : Assistant.e ingénieur.e Biochimie H/F

Remunération : 2046-2182 brut mensuel selon expérience

Type de contrat : CDD Technique/Administratif 23 mois à partir du 1er février 2023

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

Nous sommes à la recherche d’un(e) assistant(e) ingénieur spécialisé(e) en biochimie avec de préférence une expérience dans l’analyse du métabolisme de cellules en culture. Le projet OPTI-STEM a pour but d’identifier les besoins métaboliques spécifiques de cellules stromales mésenchymateuses issues de tissu adipeux et l’évolution de ces besoins au cours des différentes phases de production et de différentes conditions de culture, de façon à identifier les déterminants métaboliques clés pour l’optimisation du procédé de production et l’orientation phénotypique des cellules vers les propriétés d’intérêt thérapeutique. Ces études seront réalisées dans l’équipe METABOLINK de l’institut RESTORE  situé sur le site Langlade de Toulouse, en collaboration avec l’équipe GOT-IT et en lien avec la plateforme MetaToul-MetaboHUB (www.metatoul.fr).

Activités :

Activités principales :
– Gérer la collecte et le suivi des échantillons (métabolites intracellulaires et extracellulaires),
– Réaliser l’extraction des métabolites,
– Conduire, dans le cadre du programme expérimental, un ensemble de techniques pouvant inclure : respirométrie (Seahorse / Oroboros), enzymologie (dosages d’activités enzymatiques), dosages chromatographiques (HPLC ou autres) et Résonance Magnétique Nucléaire (RMN 1D 1H),
– Participer au développement de nouveaux tests ou protocoles,
– Mener l’analyse, le traitement statistique et la mise en forme des résultats,
– Présenter les données auprès des responsables du projet.

Activités associées :
– Travail en collaboration entre 2 équipes de l’Institut RESTORE (équipes METABOLINK et GOT-IT) et en interaction avec les autres partenaires du projet, ainsi qu’avec la plateforme MetaToul (www.metatoul.fr, analyses métabolomiques),
– Gestion et organisation des moyens techniques dans le cadre de l’étude, incluant gestion de commandes, formation des utilisateurs aux techniques développées,
– Rédaction de notes techniques, de protocoles de laboratoire,
– Participation au fonctionnement collectif de l’équipe et du laboratoire (gestion des stocks de consommables, participation au suivi des équipements, participation aux réunions d’équipe, taches collectives).

Contexte de travail

Compétences :

  • Connaissance scientifique dans le domaine de recherche : biochimie, métabolisme énergétique cellulaire,
  • Techniques liées à l’étude du métabolisme (extraction de métabolites, mesures de l’activité mitochondriale par respirométrie, dosages d’activités enzymatiques, dosages chromatographiques HPLC ou autres, RMN 1H 1D),
  • Un avantage serait d’être formé à la culture de cellules,
  • Travail en milieu confiné, protégé (connaissance des règles d’hygiène et de sécurité liées à la manipulation de produits chimiques, produits à risque biologique),
  • Notions de mathématiques, statistiques,
  • Utilisation d’outils informatiques (enregistrement / traitement de données type OFFICE, PRISM, R ou outils similaires, pilotage d’appareils), de logiciels de gestion,
  • Communication, rédaction, transmission de savoir-faire technique,
  • Anglais : B1

Contraintes et risques :

La personne peut être amenée à travailler sur plusieurs sites : les sites RESTORE (Campus Oncopole et Campus Rangueil) et ceux de la plateforme MetaToul-MetaboHUB (Campus Rangueil), suivant les exigences des expérimentations et des réunions.

Contexte de travail :

Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet OPTI-STEM qui vise à démocratiser l’accès à la thérapie cellulaire en France et en Europe, dans le cadre de la stratégie d’accélération « Biothérapies et bioproduction de thérapies innovantes » financée par l’Etat via Bpifrance et par la région Occitanie. Le projet OPTI-STEM vise à optimiser la production de cellules stromales mésenchymateuses dérivées des tissus adipeux (ASC) afin d’en démocratiser l’accès et ainsi permettre la diversification des applications thérapeutiques de ce type de cellules et de leurs dérivés (exosomes, etc.).

 

Informations complémentaires

Date de prise de fonction 1er Février 2023 Durée 23 mois

Diplôme requis/ expériences appréciées :
• Niveau : BAC+3
• Expérience souhaitée en laboratoire,
• Expérience souhaitée 1 à 4 ans

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Assistant.e ingénieur.e Biologie H/F

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Assistant.e ingénieur.e Biologie H/F

Ville : Toulouse, France

Corps : Assistant.e ingénieur.e Biologie H/F

Remunération : 2046-2182 brut mensuel selon expérience

Type de contrat : CDD Technique/Administratif 23 mois à partir du 2 janvier 2023

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

Conduire et réaliser, dans le cadre d’études précliniques, un ensemble de techniques de laboratoire, en particulier d’histologie, d’immunohistochimie et d’imagerie microscopique sur des échantillons tissulaires pour leur caractérisation au sein du LabHPEC. Assurer des fonctions support en assurance qualité dans le cadre du référentiel BPL (RAQ).

Activités principales :

• Prélever et conditionner et identifier des échantillons tissulaire d’un projet d’étude
• Conduire, dans le cadre d’un projet d’étude, un ensemble de techniques de techniques de laboratoire, en particulier d’histologie conventionnelle et moléculaire.
• Réaliser la numérisation des lames en vue de l’annotation et des analyses sur les coupes tissulaires.
• Participer, dans le cadre d’un projet d’études, aux phases animales.
• Tenir un cahier de laboratoire, recueillir et mettre en forme les résultats pour les transmettre.
• Veiller à la sécurité et à l’intégrité des données
• Rechercher la documentation scientifique.
• Collaborer avec l’équipe des personnels techniques de laboratoire
• Suivre les évolutions techniques et le développement du domaine
• Gérer des bases de données et des banques d’échantillons biologiques et tissulaires des études
• Piloter la gestion des stocks et des commandes pour les programmes d’étude
• Planifier l’utilisation des équipements techniques et scientifiques spécifiques
• Gestion de la documentation qualité (procédures, instructions et formulaires).
• Pilotage des anomalies et des actions correctives
• Gestion du programme interne des audits avec le consultant qualité
• Appliquer et faire appliquer les procédures BPL liées aux activités du laboratoire

Contexte de travail

Compétences :

• Avoir des connaissances générales dans les différents domaines de la biologie et physiologie animale, de l’histologie.
• Connaître et maîtriser la mise en œuvre des techniques de laboratoire, en particulier d’histologie conventionnelle et moléculaire sur les échantillons tissulaires animaux.
• Connaître le principe et maîtriser l’utilisation et l’entretien des appareils spécialisés du domaine : automates, microscope.
• Connaître la problématique scientifique du laboratoire.
• Savoir utiliser l’outil informatique pour le traitement des données et le pilotage d’expériences.
• Savoir communiquer et interagir avec son environnement professionnel.
• Connaître l’anglais technique du domaine.
• Avoir des connaissances générales en assurance qualité,
• Maitriser les principes de la traçabilité et de l’intégrité des données
• Connaître et savoir mettre en œuvre la réglementations qualité (référentiel BPL).

Contraintes et risques :

• Déplacements entre les sites de l’institut RETORE : ENVT, site Oncopole et Faculté de dentaire ) et sur les diverses plateformes du réseau toulousains (Anexplo, Crefre, Genotoul…).
• Pic d’activité et adaptation éventuelle d’horaires (venue en WE) lors des phases expérimentales des études non cliniques règlementaires BPL (3 fois par an environ).

Contexte de travail :

L’équipe 4 (GOT-IT) s’intéresse à la régénération tissulaire chez le mammifère adulte après lésion ou dans le cadre du vieillissement dans le but de développer des stratégies de médecine régénérative. Le travail de recherche s’effectue sur plusieurs sites toulousains (RESTORE site Oncopole ; Faculté de dentaire ; Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse). Notre équipe est impliquée dans le développement des médicaments de thérapies innovantes (MTIs) et à ce titre est responsable de la plateforme contrôle qualité MTIs et du LabHPEC (laboratoire d’HistoPathologie Expérimentale et Comparée) au sein de l’infrastructure nationale ECellFrance (www.ecellfrance.fr)

Nous sommes à la recherche d’un(e) assistant(e) ingénieur en laboratoire, compétent(e) en technique histologique et imagerie microscopique pour (i) étudier la régénération tissulaire, la biologie des cellules stromales et l’efficacité/la toxicité des MTIs et (ii) pour assurer des fonctions support en assurance qualité pour la réalisation d’études précliniques d’histopathologie en condition BPL (études règlementaires), au sein du LabHPEC.

Informations complémentaires

Date de prise de fonction 2 Janvier 2023 Durée 23 mois

Diplôme requis/ expériences appréciées :
• Niveau : DUT, BTS technique de laboratoire ou licence
• Domaine de formation souhaité : Biologie animale, histologie, assurance qualité (référentiel BPL).
• Expérience souhaitée en laboratoire, notamment d’histologie
• Expérience souhaitée en assurance qualité, référentiel BPL
• Diplôme en expérimentation animale constitue un plus

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Ingénieur.e de recherche BIOLOGIE H/F

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Ingénieur.e de recherche BIOLOGIE H/F

Ville : Toulouse, France

Corps : Ingénieur.e de recherche BIOLOGIE H/F

Remunération : 2583-2768 brut mensuel selon expérience

Type de contrat : CDD Technique/Administratif 23 mois à partir du 2 janvier 2023

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

Mission de recherche et de gestion/organisation des projets d’études histopathologiques du LabHPEC. L’ingénieur adapte et met en œuvre des techniques spécialisées pour l’obtention, l’étude et la caractérisation d’échantillons tissulaires animaux issus des projets de recherche. Il assure le rôle directeur d’étude dans les études menées en conformité BPL pour les MTIs. Il participe activement au maintien de la conformité BPL en coordination avec le RAQ (Responsable Assurance Qualité).

Activités principales :

• Concevoir et conduire les projets de développement et de réalisation technologique : histochimie, immunohistochimie, hybridation in situ, analyse d’images microscopiques et quantifications sur lames virtuelles.
• Participer aux phases expérimentales, produire les résultats d’études, traiter les données, valider et interpréter les résultats et les observations en relation avec les objectifs de recherche sous la supervision d’un anatomo-pathologiste et des responsables des projets de recherche.
• Concevoir des développements technologiques mutualisés et innovants, en relation avec les projets des utilisateurs ou partenaires, et établir le cahier des charges
• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité ; Effectuer la recherche et la synthèse bibliographiques pour répondre aux problèmes scientifiques et technologiques liés au développement des activités de recherche.
• Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles, sur l’interprétation des données
• Participer à la gestion des moyens humains, techniques et financiers alloués à la plateforme
• Rédiger, diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales, enseignements…
• S’impliquer et participer aux réseaux professionnels d’échange de compétences
• Appliquer et faire appliquer les principes qualité des BPL dans les études non cliniques règlementaires et participer au maintien de la conformité BPL de la plateforme
• Rédiger les rapports de phase d’études histopathologiques BPL
• Participer à la rédaction de dossiers dans le cadre des demandes de financement et aux bilans d’activité de l’infrastructure ECellFrance·
• Participer à la négociation et à la réalisation de contrats de recherche, en liaison avec les équipes de recherche, depuis les phases expérimentales jusqu’aux résultats.
• Suivre les évolutions scientifiques et technologiques de son domaine et des disciplines voisines ; développer le potentiel technologique du laboratoire et intégrer les nouvelles technologies.
• Participer à l’encadrement d’étudiants de masters, de doctorat vétérinaire et de doctorants d’université

Contexte de travail

Compétences :

• Posséder des connaissances théoriques et pratiques approfondies en biologie et physiologie animale et en histologie.
• Maîtriser les différentes méthodes de l’histologie (histochimie, immunohistochimie, hybridation in situ), de l’analyse d’images microscopiques (morphométrie, quantifications) et avoir des connaissances générales en biologie moléculaire.
• Maitriser les techniques de gestion de projet, savoir hiérarchiser les tâches et organiser son activité en tenant compte des contraintes et des échéances.
• Connaître les principes et le fonctionnement des techniques et des appareils utilisés.
• Savoir utiliser l’informatique de traitement des données (statistiques, modélisation) et savoir interpréter les résultats obtenus.
• Connaître et mettre en pratique la réglementation de l’assurance qualité (référentiel BPL )
• Connaître les principes éthiques et les réglementations afférentes au protocole expérimental.
• Maîtriser les techniques de présentation écrites et orales, d’animation de réunions et savoir mettre en pratique les techniques de management.
• Connaître la problématique scientifique du laboratoire et les communautés scientifiques et technologiques du domaine.
• Maîtriser l’anglais scientifique et technique du domaine (niveau B1)
• Sens du relationnel, organisation, méthode et rigueur

Contraintes et risques :

Déplacements entre les sites de l’institut RETORE : ENVT, site Oncopole et Faculté de dentaire ) et sur les diverses plateformes du réseau toulousains (Anexplo, Crefre, Genotoul…).
• Pic d’activité et adaptation éventuelle d’horaires (venue en WE) lors des phases expérimentales des études non cliniques règlementaires BPL (3 fois par an environ).

Contexte de travail :

L’équipe 4 (GOT-IT) s’intéresse à la régénération tissulaire chez le mammifère adulte après lésion ou dans le cadre du vieillissement dans le but de développer des stratégies de médecine régénérative. Le travail de recherche s’effectue sur plusieurs sites toulousains (RESTORE site Oncopole ; Faculté de dentaire ; Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse). Notre équipe est impliquée dans le développement des médicaments de thérapies innovantes (MTIs) et à ce titre est responsable de la plateforme contrôle qualité MTIs et du LabHPEC (laboratoire d’HistoPathologie Expérimentale et Comparée) au sein de l’infrastructure nationale ECellFrance (www.ecellfrance.fr)

Informations complémentaires

Date de prise de fonction 2 Janvier 2023 Durée 23 mois

Diplôme requis/ expériences appréciées :
• Niveau : Doctorat, diplôme d’ingénieur, fonction de directeur d’étude (vétérinaire ou pharmacien)
• Domaine de formation souhaité : Biologie animale, histologie, analyse d’image, assurance qualité.
• Expérience souhaitée 1 à 4 années
• Expérience souhaitée en gestion de projet
• Expérience souhaitée en assurance qualité (référentiel BPL)
• Diplôme en expérimentation animale souhaité

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Offre d’emploi Ingénieur.e Bioinformaticien.ne

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Ingénieur.e Bioinformaticien.ne : Projet INSPIRE

Ville : Toulouse, France

Corps : Ingénieur.e Bioinformaticien.ne

Remunération : 2403,93 brut mensuel mini.

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 8 mois à partir de janvier 2022

Quote : Temps complet

Description du poste

Mission :

La personne recrutée participera au sein de l’unité au projet structurant INSPIRE qui a pour
objectif de mieux comprendre les processus biologiques du vieillissement et ainsi définir un âge
physiologique au-delà du simple âge civil ou chronologique et l’identification de biomarqueurs du
vieillissement. Sa mission sera de concevoir et d’organiser la collecte et le traitement de données
sous la responsabilité d’un référent scientifique.


Activités principales :


• Définir le plan d’étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé
• Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d’information
permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données hétérogènes
(numériques, image …)
• Concevoir les modèles mathématiques /informatiques adaptés
• Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en oeuvre des méthodes d’études et
d’interprétation des résultats
• Analyser les données issues de travaux de recherche expérimentale et clinique
• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports,
brevets, publications, présentations orales
• Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et
de traitement de données
• Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques de
l’analyse des données biologiques
• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité

Contexte de travail

Connaissances :

• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie) Informatique
appliquée (connaissance approfondie) : Programmation R, Python, SQL
• Bioinformatique : Analyse de séquences, annotations taxonomiques et fonctionnelles,
interprétation de données de masse…
• Statistiques : Description et visualisation des données, tests pairés, modèles mixtes,
modèles linéaires, ANOVA, ACP, clustering…
• Des connaissances en machine learning seraient appréciées pour le traitement de
données hétérogènes (SVM, random forest, réseaux convolutionnels …)
• Cadre légal et déontologique
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire :

• Concevoir un plan d’échantillonnage
• Organiser et manipuler de grandes bases de données
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats
• Concevoir des outils d’analyse ouverts et pédagogiques

Aptitudes :

• Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs
• Autonomie
• Esprit d’équipe
• Rigueur
• Excellent relationnel
• Leadership

Informations complémentaires

Date de prise de fonction Janvier 2022 Durée 8 mois


Temps de travail : 

Temps plein
38.30 heures hebdomadaires

32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT

Rémunération :

A partir de 2403,93 bruts mensuels en fonction de l’expérience professionnelle sur des postes de niveau
équivalent.

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Offre d’emploi Doctorant

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Doctorant (H/F) en recherche pluridisciplinaire : Physiopathologie et traitement de données mathématiques

Ville : Toulouse, France

Corps : Doctorant

Remunération : 2 135€ brut mensuel

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 36 mois à partir du 1 octobre 2021

Quote : Temps complet

Description du sujet de thèse

Le but à terme du projet global est de construire un modèle numérique de simulation 3D pour identifier, mimer et étudier les mécanismes endogènes auto-organisateurs de la reconstruction tissulaire post-traumatique ou survenue au cours du vieillissement chez le mammifère adulte.

Les types d’auto-organisation qui prévalent dans un tissu adulte à l’équilibre et dans un tissu en construction peuvent être assimilés à des transitions de phase. Plus spécifiquement, le tissu sera considéré comme un système complexe composé d’un ensemble d’agents (fibres, cellules, réseaux), interagissant selon des règles heuristiques inspirées des systèmes complexes sociaux.

Le but est d’identifier les processus en jeu dans la reconstruction tissulaire après rupture, au travers du concept de transitions de phases déclenchées par des boucles de rétroaction positives entre les divers éléments énergétiques du système (mécanique, métabolique, chimique etc).

Le modèle multi-agent développé précédemment au sein de l’équipe servira de point de départ et sera modifié pour prendre en compte divers éléments énergétiques. Ceci impliquera des développements en modélisation mathématiques, simulations numériques, techniques d’analyse d’image et calibration/comparaison avec les données expérimentales.

Contexte de travail

L’équipe d’accueil est reconnue internationalement pour son expertise en médecine régénérative, basée sur la connaissance et l’utilisation des cellules stromales mésenchymateuses.

Elle a publié le premier essai sur l’utilisation des cellules stromales du tissu adipeux pour le traitement de l’ischémie critique des membres inférieurs. Elle a mis en place un processus de production de cellules et une plateforme labellisée de contrôle qualité dans le cadre de l’infrastructure nationale ECellFrance pour assurer la sécurité et le contrôle de la qualité des cellules et des tests in vivo de biosécurité des cellules thérapeutiques.

Elle a également démontré que le tissu adipeux est un réservoir physiologique et thérapeutique de cellules souches utilisables en thérapie cellulaire. Elle a mis au point un modèle très original de régénération tissulaire chez le mammifère adulte qui permet de calibrer et tester des hypothèses originales (Labit et al, Sci. Rep., 2018). Elle est à l’origine des questions biologiques qui ont conduit au premier modèle mathématique publié pour l’émergence de structure (Peurichard et al, J Theor Biol, 2017) et des processus de réparation (Peurichard et al, J Theor Biol, 2019). Elle apportera une connaissance longitudinale liée aux processus de régénération et réjuvénation.

Ce projet multi-disciplinaire est en collaboration avec des équipes de mathématiciens (IMT Toulouse, INRIA Paris) qui s’intéressent aux dynamiques collectives, à la prise de décision et à l’auto-organisation dans les systèmes complexes issus de la biologie et des sciences sociales et une équipe de physiciens (LAAS CNRS Toulouse). Les méthodes utilisées combinent l’analyse, la théorie asymptotique et les techniques numériques multi-échelles.

La réunion de ces deux équipes permettra d’allier les compétences dans la biologie des cellules souches, du stroma et de l’homéostasie tissulaire, et les récents progrès du traitement moderne des données, permettant de faire de la régénération d’organes entier un objectif réaliste et réalisable.

Informations complémentaires

Profil : Le profil recherché est celui d’un(e) étudiant(e) sortant de master disposant de bonnes bases en physique appliquées avec un fort intérêt en biologie.

Le (la) candidat(e) aura en particulier un bon bagage numérique (maîtrise de la programmation sous R et python) lui permettant d’être rapidement autonome dans la mise en œuvre des développements scientifiques envisagés. Il disposera également d’une bonne capacité de communication à la fois écrite et orale en français et en anglais. Des échanges et des déplacements sont prévus avec nos partenaires anglais.

Recrutement : La personne recrutée commencera son contrat en Octobre 2021. Le dossier de candidature sera constitué des pièces suivantes :
o Curriculum vitae détaillé
o Copie des relevés de notes en M1, M2 et rang de classement
o Lettres de recommandations s’il y a lieu

CONTACT

Candidatures sur le site du CNRS :

Offre D’emploi Research engineer / Postdoctoral fellow

National Cancer Institute - Unsplash
Research scientist position to study the role of metabolic dialogues in drug resistance of acute myeloid leukemia

City : Toulouse, France​

Corps : Research engineer/Postdoctoral fellow

Remuneration : According to the Inserm index grid and experience

Type of Contract : Fixed term contract (1 year, renewable twice)

Quote : Full time

TITLE AND OBJECTIVE OF THE PROJECT

Despite an improvement in the complete response rate obtained after conventional chemotherapy, overall survival of acute myeloid leukemia (AML) patients is still poor due to relapses caused by tumor regrowth initiated by drug resistant leukemic clones. The project aims at elucidating how the metabolic dialogue between the stromal compartment and leukemic blasts can contribute to the onset of drug resistance and to identify metabolic targets to overcome it.

MISSIONS

The scientist will be involved in a highly collaborative project between the RESTORE (“Metabolic interplay and age-associated loss of function”) and CRCT (“Oncometabolism and Drug Resistance in Acute Myeloid Leukemia”) teams. Using patient derived xenograft models well handled by the CRCT team headed by Jean-Emmanuel Sarry, the candidate will be highly involved in the establishment of a precise cellular and metabolic mapping of stromal cells and AML blasts, not only in the bone marrow but also in several extramedullary organs.

She/he will also be devoted to unravel the metabolic interactions existing between stromal cells including mesenchymal stromal cells and adipocytes, and blasts, and their role in the development of chemoresistance. Her/his work will be done in close collaboration with students and engineers working on the project, especially the bioinformatic engineer also recruited through the grant.

General responsibilities include design, implement and interpret experiments, both independently and in collaboration, and communicate research and findings in a clear and concise manner. The candidate will present the progress of the project during bi-monthly meetings between the two teams, as well as during national and international conferences.

QUALIFICATIONS REQUIRED
  • A PhD degree preferably in biochemistry or cell biology and physiology
  • Expertise in the field of metabolism and stromal cellbiology (in particular adipocytes and mesenchymal stromal cells) will be highly prioritized
  • Handson experience on in vivo(mice) experiments, confocal imaging, multicolor flow cytometry, oxygraphyand cell culture of mammalian primary cells
  • Experience in the interpretation of mass spectrometry data obtained from metabolomics and isotope (13Cmetabolites) tracing experiments is an asset
  • Knowledge in histology, quantitative PCR, and general lab protocols and methodologies used in the biological sciences
  • Computational expertiseincluding experience with image analysis, FlowJo, Prism, and Excel. Mastery of R and Python would be a plus
  • High levels of initiative, autonomy and the ability to assumea high level of responsibility
  • Strong interpersonal and mentoring skills needed to effectively deal with students andpeople of the two collaborating groupsGood levelin Englishis requiredas members of the teams are native English speakers
EMPLOYMENT

Starting on June2021, the job position is funded for 12months renewabletwice. The application should include:

  • Letter of motivation with a short description of the applicant’s previous research and why the applicant considers her/himself a good match for the position (1-2 pages).
  • Curriculum vitae, including a description of relevant skills and experiences, aswell as a full publication list.
  • Copy of PhD diploma.
  • Names, e-mail addresses and telephone numbers to 2-3 references.

CONTACT

Application should be sent to Audrey Carrière and Isabelle Ader before April 30th, 2021.