Compétences :

Connaissances approfondies en cytométrie en flux et en tri cellulaire ;
• Maîtrise des principes de la cytométrie en flux
• Utilisation de logiciels d’analyses de cytométrie en flux (Flow Jo, Flow Logic, Kaluza)
• Connaissances en biologie cellulaire
Institut national de la santé et de la recherche médicale 3
• Connaissances des normes qualités
Acquisitions et analyses en cytométrie en flux
• Tris cellulaires
• Aptitudes relationnelles : Capacité à transmettre clairement des informations, écouter activement,
interagir avec des communautés variées, et faire preuve d’ouverture d’esprit. Disponibilité.
Investissement dans le collectif.
• Aptitudes méthodologiques : rigueur et méticulosité dans la réalisation des protocoles, l’enregistrement
des échantillons, le suivi des expérimentations et le traitement des données.
• Sens de l’organisation (planification, priorisation, anticipation).
• Capacités d’adaptation et de réactivité.

Contraintes et risques :

La personne peut être amenée à travailler sur plusieurs sites : Campus Oncopole et Campus Rangueil (CHU et Université), les trajets entre les sites sont pris en charge (tikets tisséo/téléo)

Contexte de travail :

L’institut RESTORE est un centre de recherche multi-tutelles (Univ. Toulouse 3-Paul
Sabatier, CNRS, Inserm, EFS) situé sur le site Oncopole-Langlade de Toulouse. L’institut
compte actuellement plus de 140 collaborateurs répartis en quatre équipes de recherche et
un centre de ressources et d’expertises technologiques.

Le plateau de cytométrie est rattaché à la plateforme technologique Toulouse Réseau
Imagerie (TRI) du GIS GENOTOUL, labellisée IBiSa et certifiée Iso 9001 v2015 et NFX 50-
900 V2016.

Les équipements sont ouverts à l’ensemble de la communauté scientifique académique et
privée. Le plateau de cytométrie est équipé de trois cytomètres analyseurs (un Fortessa X20,
Macsquant Q10), d’un trieur de cellules (ARIA fusion) et d’un cytomètre en image (Image
Stream X).

Compétences :

• Connaissance scientifique dans le domaine de recherche : biochimie, chimie analytique,
• Connaissances théoriques et pratiques en techniques analytiques séparatives, en particulier la chromatographie liquide à haute performance (HPLC) couplée à la spectrométrie de masse.
• Expérience en métabolomique, de la préparation des échantillons à l’analyse des données. Des connaissances en fluxomique seraient un plus.
• Capacité de réaliser des développements de protocoles analytiques en métabolomique non ciblée,
• Notions en mathématiques, méthodes statistiques et programmation informatique (R ou Python),
• Capacité d’organiser et de prioriser les tâches de travail et de fonctionner en tant que membre d’une équipe ; une expérience en gestion de projet serait un plus,
• Connaissance de base en culture cellulaire serait un plus,
• Travail en milieu confiné, protégé (connaissance des règles d’hygiène et de sécurité liées à la manipulation de produits chimiques, produits à risque biologique),
• Communication, rédaction, transmission de savoir-faire technique,
• ANGLAIS : compréhension orale : niveau I – Compréhension écrite : niveau II

Contraintes et risques :

La personne peut être amenée à travailler sur plusieurs sites : les sites RESTORE (Campus Oncopole et Campus Rangueil) et ceux de la plateforme MetaToul-MetaboHUB (Campus Rangueil), suivant les exigences des manipulations et des réunions.

Contexte de travail :

Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet OPTI-STEM qui vise à démocratiser l’accès à la thérapie cellulaire en France et en Europe, dans le cadre de la stratégie d’accélération « Biothérapies et bioproduction de thérapies innovantes » financée par l’Etat via Bpifrance et par la région Occitanie. Le projet OPTI-STEM vise à optimiser la production de cellules stromales mésenchymateuses dérivées des tissus adipeux (ASC) afin d’en démocratiser l’accès et ainsi permettre la diversification des applications thérapeutiques de ce type de cellules et de leurs dérivés (exosomes, etc.).

Compétences :

• Connaissance scientifique dans le domaine de recherche : biochimie, métabolisme énergétique cellulaire,
• Techniques liées à l’étude du métabolisme (extraction de métabolites, mesures de l’activité mitochondriale par respirométrie, dosages d’activités enzymatiques, dosages chromatographiques HPLC ou autres, RMN 1H 1D),
• Un avantage serait d’être formé à la culture de cellules,
• Travail en milieu confiné, protégé (connaissance des règles d’hygiène et de sécurité liées à la manipulation de produits chimiques, produits à risque biologique),
• Notions de mathématiques, statistiques,
• Utilisation d’outils informatiques (enregistrement / traitement de données type OFFICE, PRISM, R ou outils similaires, pilotage d’appareils), de logiciels de gestion,
• Communication, rédaction, transmission de savoir-faire technique,
• Anglais : B1

Contraintes et risques :

La personne peut être amenée à travailler sur plusieurs sites : les sites RESTORE (Campus Oncopole et Campus Rangueil) et ceux de la plateforme MetaToul-MetaboHUB (Campus Rangueil), suivant les exigences des expérimentations et des réunions.

Contexte de travail :

Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet OPTI-STEM qui vise à démocratiser l’accès à la thérapie cellulaire en France et en Europe, dans le cadre de la stratégie d’accélération « Biothérapies et bioproduction de thérapies innovantes » financée par l’Etat via Bpifrance et par la région Occitanie. Le projet OPTI-STEM vise à optimiser la production de cellules stromales mésenchymateuses dérivées des tissus adipeux (ASC) afin d’en démocratiser l’accès et ainsi permettre la diversification des applications thérapeutiques de ce type de cellules et de leurs dérivés (exosomes, etc.).

Compétences :

• Avoir des connaissances générales dans les différents domaines de la biologie et physiologie animale, de l’histologie.
• Connaître et maîtriser la mise en œuvre des techniques de laboratoire, en particulier d’histologie conventionnelle et moléculaire sur les échantillons tissulaires animaux.
• Connaître le principe et maîtriser l’utilisation et l’entretien des appareils spécialisés du domaine : automates, microscope.
• Connaître la problématique scientifique du laboratoire.
• Savoir utiliser l’outil informatique pour le traitement des données et le pilotage d’expériences.
• Savoir communiquer et interagir avec son environnement professionnel.
• Connaître l’anglais technique du domaine.
• Avoir des connaissances générales en assurance qualité,
• Maitriser les principes de la traçabilité et de l’intégrité des données
• Connaître et savoir mettre en œuvre la réglementations qualité (référentiel BPL).

Contraintes et risques :

• Déplacements entre les sites de l’institut RETORE : ENVT, site Oncopole et Faculté de dentaire ) et sur les diverses plateformes du réseau toulousains (Anexplo, Crefre, Genotoul…).
• Pic d’activité et adaptation éventuelle d’horaires (venue en WE) lors des phases expérimentales des études non cliniques règlementaires BPL (3 fois par an environ).

Contexte de travail :

L’équipe 4 (GOT-IT) s’intéresse à la régénération tissulaire chez le mammifère adulte après lésion ou dans le cadre du vieillissement dans le but de développer des stratégies de médecine régénérative. Le travail de recherche s’effectue sur plusieurs sites toulousains (RESTORE site Oncopole ; Faculté de dentaire ; Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse). Notre équipe est impliquée dans le développement des médicaments de thérapies innovantes (MTIs) et à ce titre est responsable de la plateforme contrôle qualité MTIs et du LabHPEC (laboratoire d’HistoPathologie Expérimentale et Comparée) au sein de l’infrastructure nationale ECellFrance (www.ecellfrance.fr)

Nous sommes à la recherche d’un(e) assistant(e) ingénieur en laboratoire, compétent(e) en technique histologique et imagerie microscopique pour (i) étudier la régénération tissulaire, la biologie des cellules stromales et l’efficacité/la toxicité des MTIs et (ii) pour assurer des fonctions support en assurance qualité pour la réalisation d’études précliniques d’histopathologie en condition BPL (études règlementaires), au sein du LabHPEC.

Compétences :

• Posséder des connaissances théoriques et pratiques approfondies en biologie et physiologie animale et en histologie.
• Maîtriser les différentes méthodes de l’histologie (histochimie, immunohistochimie, hybridation in situ), de l’analyse d’images microscopiques (morphométrie, quantifications) et avoir des connaissances générales en biologie moléculaire.
• Maitriser les techniques de gestion de projet, savoir hiérarchiser les tâches et organiser son activité en tenant compte des contraintes et des échéances.
• Connaître les principes et le fonctionnement des techniques et des appareils utilisés.
• Savoir utiliser l’informatique de traitement des données (statistiques, modélisation) et savoir interpréter les résultats obtenus.
• Connaître et mettre en pratique la réglementation de l’assurance qualité (référentiel BPL )
• Connaître les principes éthiques et les réglementations afférentes au protocole expérimental.
• Maîtriser les techniques de présentation écrites et orales, d’animation de réunions et savoir mettre en pratique les techniques de management.
• Connaître la problématique scientifique du laboratoire et les communautés scientifiques et technologiques du domaine.
• Maîtriser l’anglais scientifique et technique du domaine (niveau B1)
• Sens du relationnel, organisation, méthode et rigueur

Contraintes et risques :

Déplacements entre les sites de l’institut RETORE : ENVT, site Oncopole et Faculté de dentaire ) et sur les diverses plateformes du réseau toulousains (Anexplo, Crefre, Genotoul…).
• Pic d’activité et adaptation éventuelle d’horaires (venue en WE) lors des phases expérimentales des études non cliniques règlementaires BPL (3 fois par an environ).

Contexte de travail :

L’équipe 4 (GOT-IT) s’intéresse à la régénération tissulaire chez le mammifère adulte après lésion ou dans le cadre du vieillissement dans le but de développer des stratégies de médecine régénérative. Le travail de recherche s’effectue sur plusieurs sites toulousains (RESTORE site Oncopole ; Faculté de dentaire ; Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse). Notre équipe est impliquée dans le développement des médicaments de thérapies innovantes (MTIs) et à ce titre est responsable de la plateforme contrôle qualité MTIs et du LabHPEC (laboratoire d’HistoPathologie Expérimentale et Comparée) au sein de l’infrastructure nationale ECellFrance (www.ecellfrance.fr)

Connaissances :

• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie) Informatique
appliquée (connaissance approfondie) : Programmation R, Python, SQL
• Bioinformatique : Analyse de séquences, annotations taxonomiques et fonctionnelles,
interprétation de données de masse…
• Statistiques : Description et visualisation des données, tests pairés, modèles mixtes,
modèles linéaires, ANOVA, ACP, clustering…
• Des connaissances en machine learning seraient appréciées pour le traitement de
données hétérogènes (SVM, random forest, réseaux convolutionnels …)
• Cadre légal et déontologique
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire :

• Concevoir un plan d’échantillonnage
• Organiser et manipuler de grandes bases de données
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats
• Concevoir des outils d’analyse ouverts et pédagogiques

Aptitudes :

• Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs
• Autonomie
• Esprit d’équipe
• Rigueur
• Excellent relationnel
• Leadership

L’équipe d’accueil est reconnue internationalement pour son expertise en médecine régénérative, basée sur la connaissance et l’utilisation des cellules stromales mésenchymateuses.

Elle a publié le premier essai sur l’utilisation des cellules stromales du tissu adipeux pour le traitement de l’ischémie critique des membres inférieurs. Elle a mis en place un processus de production de cellules et une plateforme labellisée de contrôle qualité dans le cadre de l’infrastructure nationale ECellFrance pour assurer la sécurité et le contrôle de la qualité des cellules et des tests in vivo de biosécurité des cellules thérapeutiques.

Elle a également démontré que le tissu adipeux est un réservoir physiologique et thérapeutique de cellules souches utilisables en thérapie cellulaire. Elle a mis au point un modèle très original de régénération tissulaire chez le mammifère adulte qui permet de calibrer et tester des hypothèses originales (Labit et al, Sci. Rep., 2018). Elle est à l’origine des questions biologiques qui ont conduit au premier modèle mathématique publié pour l’émergence de structure (Peurichard et al, J Theor Biol, 2017) et des processus de réparation (Peurichard et al, J Theor Biol, 2019). Elle apportera une connaissance longitudinale liée aux processus de régénération et réjuvénation.

Ce projet multi-disciplinaire est en collaboration avec des équipes de mathématiciens (IMT Toulouse, INRIA Paris) qui s’intéressent aux dynamiques collectives, à la prise de décision et à l’auto-organisation dans les systèmes complexes issus de la biologie et des sciences sociales et une équipe de physiciens (LAAS CNRS Toulouse). Les méthodes utilisées combinent l’analyse, la théorie asymptotique et les techniques numériques multi-échelles.

La réunion de ces deux équipes permettra d’allier les compétences dans la biologie des cellules souches, du stroma et de l’homéostasie tissulaire, et les récents progrès du traitement moderne des données, permettant de faire de la régénération d’organes entier un objectif réaliste et réalisable.

The scientist will be involved in a highly collaborative project between the RESTORE (« Metabolic interplay and age-associated loss of function ») and CRCT (« Oncometabolism and Drug Resistance in Acute Myeloid Leukemia ») teams. Using patient derived xenograft models well handled by the CRCT team headed by Jean-Emmanuel Sarry, the candidate will be highly involved in the establishment of a precise cellular and metabolic mapping of stromal cells and AML blasts, not only in the bone marrow but also in several extramedullary organs.

She/he will also be devoted to unravel the metabolic interactions existing between stromal cells including mesenchymal stromal cells and adipocytes, and blasts, and their role in the development of chemoresistance. Her/his work will be done in close collaboration with students and engineers working on the project, especially the bioinformatic engineer also recruited through the grant.

General responsibilities include design, implement and interpret experiments, both independently and in collaboration, and communicate research and findings in a clear and concise manner. The candidate will present the progress of the project during bi-monthly meetings between the two teams, as well as during national and international conferences.