Les équipements

Les équipements

RESTORE dispose d’un vaste parc instrumental mis à la disposition des scientifiques et géré par le CERT. Chacun de ces instruments profite également de l’expertise associée des ingénieurs et techniciens du laboratoire.

Par catégorie

CONTACT

Jacques Rouquette

Responsable CERT

Pour toutes demandes, le personnel du CERT :

  • assure le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assure la formation des utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Modèles de vieillissement

Nothobroanchius

Modèles de vieillissement

La régénération des tissus et des organes représente un enjeu cognitif et médical majeur. L’objectif de notre institut est de comprendre certains des mécanismes sous-jacents pour améliorer/rétablir les capacités de régénération chez l’adulte.

L’institut propose une expertise dans plusieurs modèles de vieillissement notamment chez les poissons tels que Brachyodanio rerio et Nothobroanchius furzeri.

Ces espèces ont été choisies principalement pour leur homologie avec les phénomènes étudiés chez l’homme (physiologique, clinique…), pour les outils techniques qui peuvent être mis en place (outils génétiques permettant par exemple l’accès à des lignées mutées, physique tel que l’imagerie, chirurgicaux permettant le développement de modèles et l’utilisation de biomatériaux) ainsi que pour les données bibliographiques liées à ces espèces.

 

expertises

CONTACT

Foie, tissu adipeux, macrophages, métabolisme, inflammation, vieillissement

user

Jean-Philippe Pradere

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Fluxomique

Fluxomique

Depuis quelques années, l’étude du métabolisme est au cœur des problématiques de physiologie et de santé. Les applications sont nombreuses et incluent la compréhension fondamentale de la physiologie, des pathologies, l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou encore le suivi post-thérapeutique individualisé. La capacité à appréhender le métabolisme est donc un enjeu majeur dans la compréhension du vieillissement et dans la lutte contre des maladies telles que le cancer.

Dans le cadre d’une initiative conjointe entre les laboratoires RESTORE, CRCT et la plateforme MetaToul, le CERT abrite un dispositif de fluxomique in vivo qui inclut :

  • deux modules permettant la réalisation d’expériences de traçage isotopique (isotopes stables : 13C, 15N, etc) in vivo ou in vitro
  • les équipements nécessaires à la collecte des échantillons et à l’extraction des métabolites
  • une chambre de culture en pression en oxygène contrôlée permettant d’appréhender l’effet des variations de la pression partielle en oxygène sur le métabolisme
  • un plateau de respirométrie pour mesurer les flux de consommation d’oxygène

Les analyses du métabolome, du lipidome et du marquage isotopique sont réalisées sur la plateforme MetaToul, qui dispose d’un parc instrumental (spectrométrie de masse, RMN) et d’une expertise unique en France dans ce domaine. L’ensemble du dispositif et des expertises associées représente une configuration unique en France pour des études approfondies de la dynamique métabolique à différents niveaux d’échelle (de la cellule à l’organisme entier).

expertises

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Physioxie / Hypoxie

Physioxie
& Hypoxie

Au sein des tissus, le taux en oxygène est bien plus faible que celui de l’atmosphère dans lequel les cellules sont classiquement cultivées (21% O2). Afin d’étudier le métabolisme cellulaire dans les conditions proches de celles présentes dans les tissus, il est primordial de les cultiver dans une atmosphère contrôlée en oxygène. L’oxygénation des cellules, au cœur des recherches de l'Inserm et de Restore, a été nobélisée en 2019.

expertises

Cet incubateur mime les conditions d’oxygénation physiologiques des cellules ou des tissus tout au long de leur culture, sans fluctuation de l’environnement atmosphérique. Il permet d’étudier les différentes populations de cellules souches dans des conditions proches de celles rencontrées in vivo et d’aboutir à de nouvelles pistes thérapeutiques (article complet).

L’appareil X-Vivo (Biospherix) est une enceinte ayant une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène. Il permet, grâce à ses différents modules, de réaliser en simultané différentes cultures avec différents taux d’oxygène (1%, 2%, 5%, …) selon les demandes expérimentales et ce tout au long de la culture :

  • 6 incubateurs indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 modules de travail indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 sas indépendants de transfert
  • 1 module avec un microscope

 

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

PhD- Ingénieur Inserm

Vieillissement, fragilité, cancer, métabolisme redox, hypoxie, flexibilité métabolique, lipides, fibroblastes, cellules souches mésenchymateuses

ADER Isabelle

Isabelle Ader

PhD- Chargée de recherche Inserm

Un chercheur et un ingénieur experts évaluent la demande de l’utilisateur et :

  • Autorisent l’accès aux appareillages après formation préalable
  • Conseillent pour la conception des expériences en hypoxie
  • Réalisent un service à façon pour la réalisation de vos études en hypoxie.

Génomique / Transcriptomique

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Génomique & Transcriptomique

Notre plateforme est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de prestations aux équipes de recherche.

expertises

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emmanuelle arnaud

Emmanuelle Arnaud

Ingénieure transcriptomique
odilemondesert

Odile Mondésert

Ingénieure génomique

Les ingénieures de la plateforme évaluent la demande de l’utilisateur et proposent la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • formant les utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Mécanobiologie – AFM BioFab

Mécanobiologie
AFM BioFab

Le MécanoBioFab développe des outils technologiques originaux pour accompagner les chercheurs de l’institut dans le domaine de la mesure des propriétés mécaniques des cellules et des tissus et dans le domaine de la fabrication de supports 2D et 3D pour l’élaboration de modèles in-vitro.

La plateforme de Mécanobiologie AFM développe de nouvelles approches automatisées d’acquisition des propriétés mécaniques des cellules, des populations cellulaires et des tissus.

expertises

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Childerick Severac

PhD - IR CNRS

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Imagerie

Imagerie

Un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois ou quatre dimensions des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose d’un panel d’instruments et d’expertises permettant de réaliser ce type d’analyse.

expertises

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Corinne Barreau

PhD
laetitia.pieruccioni

Laetitia Pieruccioni

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Cytométrie

Cytométrie

Le plateau permet le phénotypage des cellules par la détection et l’identification de molécules membranaires et intracellulaires. Afin de purifier une sous-population cellulaire, nous réalisons également des tris cellulaires à haut débit, reposant sur des analyses cellulaires multi-paramétriques. Ces sous-populations pourront ensuite être étudiées pour différents paramètres (transcriptome, protéome, transfert in vivo…).

Le plateau de cytométrie RESTORE, rattaché à la Plateforme Toulouse Réseau Imagerie, est certifié Iso 9001 version 2015. Le plateau dispose d’un trieur de cellules, de deux analyseurs et d’un cytomètre en image, associé à une forte expertise sur des approches concernant les cellules issues de tissus solides (tissus adipeux, muscles, gencives…). La totalité des appareils est intégrée dans une zone de confinement L2.

L’utilisation des appareils du plateau est ouverte aux équipes de recherche d’établissement public et privés, sous réserve d’acceptation des projets par le responsable.

expertises

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Marie-Laure Renoud 2

Marie-Laure Renoud

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Pour les utilisateurs réguliers : Réservation directe

Offre D’emploi Research engineer / Postdoctoral fellow

National Cancer Institute - Unsplash

Research scientist position to study the role of metabolic dialogues in drug resistance of acute myeloid leukemia

City : Toulouse, France​

Corps : Research engineer/Postdoctoral fellow

Remuneration : According to the Inserm index grid and experience

Type of Contract : Fixed term contract (1 year, renewable twice)

Quote : Full time

TITLE AND OBJECTIVE OF THE PROJECT

Despite an improvement in the complete response rate obtained after conventional chemotherapy, overall survival of acute myeloid leukemia (AML) patients is still poor due to relapses caused by tumor regrowth initiated by drug resistant leukemic clones. The project aims at elucidating how the metabolic dialogue between the stromal compartment and leukemic blasts can contribute to the onset of drug resistance and to identify metabolic targets to overcome it.

MISSIONS

The scientist will be involved in a highly collaborative project between the RESTORE (“Metabolic interplay and age-associated loss of function”) and CRCT (“Oncometabolism and Drug Resistance in Acute Myeloid Leukemia”) teams. Using patient derived xenograft models well handled by the CRCT team headed by Jean-Emmanuel Sarry, the candidate will be highly involved in the establishment of a precise cellular and metabolic mapping of stromal cells and AML blasts, not only in the bone marrow but also in several extramedullary organs.

She/he will also be devoted to unravel the metabolic interactions existing between stromal cells including mesenchymal stromal cells and adipocytes, and blasts, and their role in the development of chemoresistance. Her/his work will be done in close collaboration with students and engineers working on the project, especially the bioinformatic engineer also recruited through the grant.

General responsibilities include design, implement and interpret experiments, both independently and in collaboration, and communicate research and findings in a clear and concise manner. The candidate will present the progress of the project during bi-monthly meetings between the two teams, as well as during national and international conferences.

QUALIFICATIONS REQUIRED
  • A PhD degree preferably in biochemistry or cell biology and physiology
  • Expertise in the field of metabolism and stromal cellbiology (in particular adipocytes and mesenchymal stromal cells) will be highly prioritized
  • Handson experience on in vivo(mice) experiments, confocal imaging, multicolor flow cytometry, oxygraphyand cell culture of mammalian primary cells
  • Experience in the interpretation of mass spectrometry data obtained from metabolomics and isotope (13Cmetabolites) tracing experiments is an asset
  • Knowledge in histology, quantitative PCR, and general lab protocols and methodologies used in the biological sciences
  • Computational expertiseincluding experience with image analysis, FlowJo, Prism, and Excel. Mastery of R and Python would be a plus
  • High levels of initiative, autonomy and the ability to assumea high level of responsibility
  • Strong interpersonal and mentoring skills needed to effectively deal with students andpeople of the two collaborating groupsGood levelin Englishis requiredas members of the teams are native English speakers
EMPLOYMENT

Starting on June2021, the job position is funded for 12months renewabletwice. The application should include:

  • Letter of motivation with a short description of the applicant’s previous research and why the applicant considers her/himself a good match for the position (1-2 pages).
  • Curriculum vitae, including a description of relevant skills and experiences, aswell as a full publication list.
  • Copy of PhD diploma.
  • Names, e-mail addresses and telephone numbers to 2-3 references.

CONTACT

Application should be sent to Audrey Carrière and Isabelle Ader before April 30th, 2021.

Leucémies : un chercheur toulousain trois fois récompensé par la fondation ARC

Thomas Farge - DDM-Nathalie Saint-Affre

La Fondation ARC pour la recherche contre le cancer a récompensé à trois reprises Thomas Farge, chercheur en co-tutelle entre le CRCT et Restore. Ses travaux portent sur les cellules leucémiques résistantes à la chimiothérapie.

Thomas Farge travaille sur les leucémies myéloïdes aiguës (photo : DDM - NATHALIE SAINT-AFFRE)Ses travaux sur les cellules leucémiques résistantes à la chimiothérapie, ont été distingués par le prix Hélène Stark de la meilleure communication orale, le second prix Kerner de vulgarisation scientifique et le prix coup de cœur des donateurs. « L’application aux patients est encore loin, mais avec ces travaux j’apporte l’espoir d’un meilleur ciblage des cellules cancéreuses et je l’espère, de nouveaux traitements à horizon de 10 ou 15 ans », avance Thomas Farge.

Une protéine à bloquer


Le chercheur consacre sa thèse à la leucémie aiguë myéloïde, le cancer du sang le plus fréquent chez l’adulte, mais aussi celui pour lequel il existe le moins de variété de traitements. « 80 % des patients traités pour ce type de leucémie entrent en rémission, mais ils sont aussi très nombreux à finir par rechuter. J’ai essayé de comprendre quel pouvait être le rôle de la protéine CD36 dans cette chimiorésistance. »

Ses travaux montrent que cette protéine permet aux cellules cancéreuses présentes dans la moelle osseuse de migrer dans les tissus adipeux (graisse corporelle). Elles y ont ensuite un accès illimité en lipides, parviennent à résister aux traitements et participent à la rechute du patient. L’espoir vient d’un anticorps capable de bloquer la protéine CD36 et d’empêcher ce mécanisme.

Texte (modifié) d’après : Béatrice Girard et photo Nathalie Saint-Affre. Avec l’aimable autorisation de la Dépêche du Midi.