15/06 : LE 13H DE FLORENCE RUGGIERO @ RESTORE

Decoding the matrix: how collagens shape neuromuscular development

En tant que jeune chercheuse au CNRS, Florence RUGGIERO s’est principalement intéressée à l’analyse des interactions cellule-matrice, des récepteurs du collagène et de la formation des réseaux de la matrice extracellulaire.

En 2001, elle a commencé à diriger son groupe indépendant à l’Institut de chimie des protéines et des protéines (IBCP, Lyon) où elle a apporté des contributions originales dans le domaine de la matrice extracellulaire, des molécules aux organismes. Elle a notamment été pionnière dans l’utilisation du modèle du poisson zèbre pour caractériser la fonction des collagènes dans le développement, la régénération et la maladie.

En 2011, elle a rejoint l’Institut de génomique fonctionnelle de Lyon (IGFL, Ecole Normale Supérieure de Lyon), une structure de recherche de 120 personnes travaillant sur la génomique fonctionnelle, le développement, la physiologie et la biologie évolutive. Son équipe a sans doute acquis une reconnaissance internationale dans le domaine de la biologie matricielle lorsqu’elle s’installe à l’IBCP.

La plupart de ses travaux récents se sont concentrés sur le décodage des relations causales entre la matrice extracellulaire et les événements de signalisation qui régissent la formation des tissus et sur l’examen de leur perturbation possible dans les maladies, ainsi que sur la compréhension de la façon dont les cellules en développement façonnent spatialement et temporellement les matrices contenant du collagène qui sont essentielles pour la formation et l’homéostasie des tissus. Le poisson zèbre est devenu son modèle animal préféré et ses recherches se concentrent désormais sur la réparation de la peau et le rôle de la matrice extracellulaire dans le développement, la réparation et les maladies du système neuromusculosquelettique.

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directrice de recherche au CNRS et directrice de l’Institut Génomique Fonctionnelle de de Lyon. Sa formation combine la biologie cellulaire, la biochimie et la biologie du développement.

08/06 : LE 13H DE JULIE DAM @ RESTORE

An intriguing mechanism of action of a G protein coupled receptor in the adipose tissue

Julie Dam s’intéresse à la compréhension du mécanisme d’action des récepteurs membranaires, y compris le récepteur de la leptine et les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG), dans la physiopathologie de l’obésité et du diabète de type 2. En tant que cibles principales des médicaments prescrits actuellement, les RCPG présentent un intérêt particulier. L’élucidation de la fonction des RCPG, dont on sait peu de choses, pourrait avoir un potentiel thérapeutique important.

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chercheuse INSERM à l’Institut Cochin, co-dirige l’équipe “Pharmacologie fonctionnelle et physiopathologie des récepteurs membranaires” avec Ralf Jockers

01/06 : LE 13H DE MICKAEL MEYRAND @ RESTORE

Unlocking Spatial Biology with Orion™

Orion™ est une nouvelle plate-forme de biologie spatiale permettant des résultats d’immunofluorescence sur lame entière et d’imagerie H&E sur la même section pour jusqu’à 20 biomarqueurs en une seule étape de coloration des tissus. L’imagerie Orion est réalisée en moins de 2 heures par échantillon, ce qui rend l’approche adaptée à la recherche translationnelle et clinique.

Ce séminaire décrira l’utilisation de la microscopie immunofluorescente multiplexée pour étudier l’architecture et l’état des cellules, les marqueurs de maladies, les cibles médicamenteuses potentielles et la réponse immunitaire de l’hôte. Nous décrirons comment la mesure quantitative et subcellulaire de jusqu’à 17 biomarqueurs protéiques sur plusieurs échantillons de diapositives entières par jour a été utilisée pour des études translationnelles et cliniques à grande échelle. Les exemples incluront des tissus sains et une gamme de tumeurs solides et de microenvironnements immunitaires.

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Field Application Specialist – Rarecyte (Precision Biology Solutions – Spatial Biology Realized)

16/03 : LE 13H DE ARUN KUMAR @ RESTORE

De-centralizing the Central Dogma: Gating of central clock signals prevents muscle aging

Daily tissue functions rely on a network of molecular clocks that are necessary for organism health but can be disrupted by aging and lifestyle changes. Communication of these tissue clocks and their temporal coordination are essential for maintaining organism health. The mechanisms accounting for the communication needed for daily coherent physiology during an individual’s life, and whether (and how) intra-tissue clocks networks are important for muscle tissue maintenance, have remained practically unknown.

Here, we addressed the open question of how the brain and muscle clock interact to maintain correct daily muscle physiology, and whether disruption of any such communication leads to aging phenotypes in muscle. To elucidate the structure of this network, we established a minimal clock module with the central clock (suprachiasmatic nucleus [SCN]/brain) and/or a peripheral clock (muscle) in arrhythmic, prematurely-aged mice. Unexpectedly, we observed that brain-muscle clock network reconstitution suffices for preserving basic daily homeostatic functions and preventing premature muscle aging, but input from other peripheral clocks is required for full daily physiology. Mechanistically, the muscle peripheral clock acts as a gatekeeper by selecting and suppressing signals from the central clock, such as untimed lipid metabolism and mitochondrial homeostasis, which would be detrimental to muscle function if left uncontrolled, and by integrating the muscle homeostatic functions. This gatekeeping function of the peripheral clock over the central clock was key in preventing sarcopenia, uncovering a less hierarchical organization than previously proposed. In normally aged mice, the central clock fails with declining activity.

Strikingly, failure of the central clock in normally aged mice (and in young mice lacking the central clock) can be rescued by imposing a feeding regime associated with correct circadian rhythm (e.g., time-restricted feeding)  which drives the muscle clock autonomously, thus restoring circadian functions and preventing sarcopenia. Our findings reveal reciprocal interactions of the central and peripheral clocks that are required for the daily function of muscle and that can be drastically influenced by eating patterns, with implications for fostering healthier aging and reversing age-related muscle pathologies.

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CHERCHEUR, Department of Experimental and Health Sciences, Pompeu Fabra University (UPF),CIBER on Neurodegenerative Diseases (CIBERNED)

23/03 : LE 13H DE ANNABELLE DECOTTIGNIES @ RESTORE

ALTERNATIVE LENGTHENING OF TELOMERES IN CANCER: DIAGNOSIS AND THERAPEUTIC PERSPECTIVES

Les télomères sont des structures spécialisées qui protègent l’extrémité des chromosomes. Ils peuvent s’apparenter à des « capuchons de protection ». L’importance de l’étude des télomères, entre autres dans le contexte de la recherche contre le cancer, a encore été renforcée par l’attribution du Prix Nobel de Médecine 2009 à la découverte des télomères et de la télomérase.

Pouvoir maintenir ces « capuchons » est crucial lorsque les cellules se divisent car le processus naturel de division cellulaire endommage les extrémités chromosomiques. Au cours des premières divisions embryonnaires, nos cellules sont capables de maintenir cette protection, mais cette capacité est ensuite perdue dans la majorité des cellules puisqu’elles ne se divisent plus.

De cette façon, la nature nous protège contre la prolifération cellulaire illimitée, comme celle qui caractérise les cellules cancéreuses. Comment la formation de tumeur est-elle dès lors possible ? L’acquisition d’un mécanisme de maintien des télomères nécessite d’outrepasser les barrières naturelles de protection contre le cancer, par le biais de mutations et de remaniements des chromosomes. Une fraction des cellules qui passent par le processus de cancérisation y parvient, et ces cellules sont alors capables de se multiplier dans l’organisme.

Au laboratoire, nous nous intéressons à cette problématique et souhaitons acquérir une meilleure connaissance des mécanismes de maintien des télomères afin d’identifier d’éventuelles nouvelles cibles pour la lutte contre le cancer.

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CHERCHEUSE, Institut de Duve- Université Catholique de Louvain, lauréate du prix Allard-Janssen 2017

19/01 : LE 13H DE AUDREY FERRAND @ RESTORE

Deciphering the intestinal epithelium regulation : a multidisciplinary approach

I obtained in 2004 a PhD in Pharmacology from the University of Toulouse. My research interest in the laboratory of Digestive Biology (INSERM U531) was to decipher the signaling pathways involved in the initiation of colon and pancreas cancers.

In 2005, I joined the laboratory of Jeffrey Settleman at the Massachusetts General Hospital (MGH) Cancer Center, Harvard Medical School, in Boston (USA) where I characterized the differential drug response of mutated EGFR in non-small cell lung cancer. In 2006, I moved to the Surgery Department of the University of Melbourne (Australia) where I identified the crucial role of gastrin precursors in the tumor-initiating capacity of CD133-positive colon cancer cells.  In 2009, I have been recruited as a junior assistant professor (INSERM CRCN) to establish a research program aiming to identify therapeutic targets in colorectal cancer.

Since 2018, I lead a research group at the IRSD (Institut de Recherche en Santé Digestive) studying the interactions between the intestinal epithelium and the environment, either luminal or stromal. By combining morphological, functional, pharmacological and microfluidic approaches to 3D cell primocultures of colorectal organoids and fibroblasts, we study the interactions between the intestinal epithelium and the fibroblasts in the context of inflammatory bowel diseases and the risk of tumorigenesis.

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CR1 INSERM, Institut de Recherche en Santé Digestive,

INSERM u1220, INRA u1416, Université Paul Sabatier, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Toulouse.

12/01 : LE 13H DE CHRISTOPHE PELLEFIGUES @ RESTORE

Contrôle de la résolution de l'inflammation par les basophiles dans un modèle de lésion cutanée chez la souris âgée

Pro-resolution M2-like macrophages are critical for wound healing. Aging-associated systemic chronic inflammation alters their functions and favors the development of chronic wounds, a major morbidity in elderly patients. Basophils, rare circulating granulocytes known for their pro-inflammatory roles in allergic and parasitic diseases, can potently promote M2-like macrophage’s pro-resolution functions due to their high innate production of type 2 cytokines.

In this work in progress, we explore the roles of basophils in skin wound healing using mice models of specific basophil depletion or gene deletion, and reanalysis of published transcriptomic datasets. We show that basophils infiltrate skin wounds early during inflammation and express Interleukin 4 (IL-4) for at least three weeks. They inhibit the accumulation of pro-inflammatory monocytes/macrophages during the resolution phase in an IL-4 dependent manner and accelerate wound closure while favoring keratinocyte differentiation during re-epithelialization.In aged mice, basophils have a more activated and immature phenotype but unexpectedly show enhanced pro-resolution properties.

Thus, basophils display pro-resolution properties favoring the skin wound healing response in both adult and elder mice. Unraveling the molecular mechanisms controlling these properties may hold promise to restore optimal healing and resolution in the elderly.

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CR CNRS au Centre de Recherche sur l’Inflammation à Paris, dans l’équipe de Nicolas Charles et Ulrich Blank “Basophiles, mastocytes et Immunopathologie”

17/11 : LE 13H DE ALAIN DOGLIO @ RESTORE

Etiopathology of gingival inflammation: towards a new paradigm based on virus - bacteria synergy

Periodontitis is one of the most common human inflammatory condition. This disease is responsible for tooth mobility and tooth loss, and it is also a significant risk factor for dozens of seemingly unrelated systemic illnesses. A polymicrobial dysbiosis model was proposed for periodontitis with colonization of subgingival teeth sites with different Gram-negative bacteria, identified as “keystone pathogens”.

So far, most studies have focused on bacterial populations, while less attention has been paid to the viral component. We notably investigated the pathogenic role of the Epstein-Barr virus in periodontitis showing that the virus can promote breakdown of innate barriers, pro-inflammatory signaling, and immune dysregulation and thus deeply worsening severity of the disease

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Alain DOGLIO is the director of the MICORALIS laboratory (Université Côte d’Azur, Nice), a research team focused on oral microbiology, immunity and global health. He is also the head of the cell therapy facility of the CHU de Nice.

20/10 : LE 13H DE ARGYRIS PAPANTONIS @ RESTORE

Lessons for disease learned from cellular ageing: a 3D genome perspective

We wish to uncover the rules governing gene expression in response to developmental and extra-cellular cues. Genome architecture is thought to be a major determinant in this. What we strive to understand is how chromatin (re)folds to accommodate responses to such cues in 3D nuclear space and dynamically over time. In the end, we anticipate these rules to be general ones, which once deciphered will allow us to predict how a cell might respond upon signalling, in the context of disease, or during cellular ageing.

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Argyris Papantonis studied biology at the University of Athens, Greece, where he also obtained his PhD in gene expression regulation. He did his postdoctoral work with Peter Cook at the University of Oxford, where he also served as a Lecturer for Biochemistry. In 2013, he was appointed as a Junior Group Leader at the University of Cologne, and in 2018 he was elected Professor of Translational Epigenetics at the University of Goettingen. Currently, he is also the Speaker of the SPP2202 German Priority Program for “3D genome organization in development and disease”.

13/10 : LE 13H DE EMILIE GREGORI @ RESTORE

Bénéfices & Applications de la technologie CyTOF pour la cytométrie et l’imagerie tissulaire

Avoir la possibilité de monter en puissance dans le nombre de paramètres à étudier simultanément en cytométrie et en imagerie tissulaire est un enjeu crucial pour vos recherches.
L’objection majeure à cette escalade est toutes les limites des technologies liées aux fluorochromes : compensation, déconvolution, autofluorescence, normalisation, etc… Imaginez que toutes ces contraintes soient enlevées.
Entrevoir des panels de 50 paramètres ou plus en cytométrie et 35 paramètres en imagerie tissulaire devient beaucoup plus facile. C’est la solution que Standard Biotools vous propose. Recentrez-vous sur vos questions biologiques nous nous occupons du reste.

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