Modèles de vieillissement

Nothobroanchius

Modèles de vieillissement

La régénération des tissus et des organes représente un enjeu cognitif et médical majeur. L’objectif de notre institut est de comprendre certains des mécanismes sous-jacents pour améliorer/rétablir les capacités de régénération chez l’adulte.

L’institut propose une expertise dans plusieurs modèles de vieillissement notamment chez les poissons tels que Brachyodanio rerio et Nothobroanchius furzeri.

Ces espèces ont été choisies principalement pour leur homologie avec les phénomènes étudiés chez l’homme (physiologique, clinique…), pour les outils techniques qui peuvent être mis en place (outils génétiques permettant par exemple l’accès à des lignées mutées, physique tel que l’imagerie, chirurgicaux permettant le développement de modèles et l’utilisation de biomatériaux) ainsi que pour les données bibliographiques liées à ces espèces.

expertises

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Foie, tissu adipeux, macrophages, métabolisme, inflammation, vieillissement

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Jean-Philippe Pradere

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Fluxomique

Fluxomique

Depuis quelques années, l’étude du métabolisme est au cœur des problématiques de physiologie et de santé. Les applications sont nombreuses et incluent la compréhension fondamentale de la physiologie, des pathologies, l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou encore le suivi post-thérapeutique individualisé. La capacité à appréhender le métabolisme est donc un enjeu majeur dans la compréhension du vieillissement et dans la lutte contre des maladies telles que le cancer.

Dans le cadre d’une initiative conjointe entre les laboratoires RESTORE, CRCT et la plateforme MetaToul, le CERT abrite un dispositif de fluxomique in vivo qui inclut :

  • deux modules permettant la réalisation d’expériences de traçage isotopique (isotopes stables : 13C, 15N, etc) in vivo ou in vitro
  • les équipements nécessaires à la collecte des échantillons et à l’extraction des métabolites
  • une chambre de culture en pression en oxygène contrôlée permettant d’appréhender l’effet des variations de la pression partielle en oxygène sur le métabolisme
  • un plateau de respirométrie pour mesurer les flux de consommation d’oxygène

Les analyses du métabolome, du lipidome et du marquage isotopique sont réalisées sur la plateforme MetaToul, qui dispose d’un parc instrumental (spectrométrie de masse, RMN) et d’une expertise unique en France dans ce domaine. L’ensemble du dispositif et des expertises associées représente une configuration unique en France pour des études approfondies de la dynamique métabolique à différents niveaux d’échelle (de la cellule à l’organisme entier).

expertises

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Physioxie / Hypoxie

Physioxie
& Hypoxie

Au sein des tissus, le taux en oxygène est bien plus faible que celui de l’atmosphère dans lequel les cellules sont classiquement cultivées (21% O2). Afin d’étudier le métabolisme cellulaire dans les conditions proches de celles présentes dans les tissus, il est primordial de les cultiver dans une atmosphère contrôlée en oxygène. L’oxygénation des cellules, au cœur des recherches de l'Inserm et de Restore, a été nobélisée en 2019.

expertises

Cet incubateur mime les conditions d’oxygénation physiologiques des cellules ou des tissus tout au long de leur culture, sans fluctuation de l’environnement atmosphérique. Il permet d’étudier les différentes populations de cellules souches dans des conditions proches de celles rencontrées in vivo et d’aboutir à de nouvelles pistes thérapeutiques (article complet).

L’appareil X-Vivo (Biospherix) est une enceinte ayant une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène. Il permet, grâce à ses différents modules, de réaliser en simultané différentes cultures avec différents taux d’oxygène (1%, 2%, 5%, …) selon les demandes expérimentales et ce tout au long de la culture :

  • 6 incubateurs indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 modules de travail indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 sas indépendants de transfert
  • 1 module avec un microscope

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

PhD- Ingénieur Inserm

Vieillissement, fragilité, cancer, métabolisme redox, hypoxie, flexibilité métabolique, lipides, fibroblastes, cellules souches mésenchymateuses

ADER Isabelle

Isabelle Ader

PhD- Chargée de recherche Inserm

Un chercheur et un ingénieur experts évaluent la demande de l’utilisateur et :

  • Autorisent l’accès aux appareillages après formation préalable
  • Conseillent pour la conception des expériences en hypoxie
  • Réalisent un service à façon pour la réalisation de vos études en hypoxie.

Génomique / Transcriptomique

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Génomique & Transcriptomique

Notre plateforme est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de prestations aux équipes de recherche.

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emmanuelle arnaud

Emmanuelle Arnaud

Ingénieure transcriptomique
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Odile Mondésert

Ingénieure génomique

Les ingénieures de la plateforme évaluent la demande de l’utilisateur et proposent la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • formant les utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Mécanobiologie – AFM BioFab

Mécanobiologie
AFM BioFab

Le MécanoBioFab développe des outils technologiques originaux pour accompagner les chercheurs de l’institut dans le domaine de la mesure des propriétés mécaniques des cellules et des tissus et dans le domaine de la fabrication de supports 2D et 3D pour l’élaboration de modèles in-vitro.

La plateforme de Mécanobiologie AFM développe de nouvelles approches automatisées d’acquisition des propriétés mécaniques des cellules, des populations cellulaires et des tissus.

expertises

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Childerick Severac

PhD - IR CNRS

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Imagerie

Imagerie

Un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois ou quatre dimensions des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose d’un panel d’instruments et d’expertises permettant de réaliser ce type d’analyse.

expertises

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Corinne Barreau

PhD
laetitia.pieruccioni

Laetitia Pieruccioni

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Cytométrie

Cytométrie

Le plateau permet le phénotypage des cellules par la détection et l’identification de molécules membranaires et intracellulaires. Afin de purifier une sous-population cellulaire, nous réalisons également des tris cellulaires à haut débit, reposant sur des analyses cellulaires multi-paramétriques. Ces sous-populations pourront ensuite être étudiées pour différents paramètres (transcriptome, protéome, transfert in vivo…).

Le plateau de cytométrie RESTORE, rattaché à la Plateforme Toulouse Réseau Imagerie, est certifié Iso 9001 version 2015. Le plateau dispose d’un trieur de cellules, de deux analyseurs et d’un cytomètre en image, associé à une forte expertise sur des approches concernant les cellules issues de tissus solides (tissus adipeux, muscles, gencives…). La totalité des appareils est intégrée dans une zone de confinement L2.

L’utilisation des appareils du plateau est ouverte aux équipes de recherche d’établissement public et privés, sous réserve d’acceptation des projets par le responsable.

expertises

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Marie-Laure Renoud 2

Marie-Laure Renoud

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Pour les utilisateurs réguliers : Réservation directe

Gestion, Traitement et Analyse des données

Gestion, Traitement et
Analyse des données

Dans le cycle de vie d’une donnée biologique, qui va de son acquisition jusqu’à la mise en forme de résultats, le traitement et l’analyse constituent une étape clef pour associer un sens à la donnée. L’analyse est donc un ensemble d’opérations mathématiques et statistiques dont le but est d’améliorer la qualité de la donnée, et d’en extraire l’information pertinente.

Qu’il s’agisse de données acquises sur ou hors site, la plateforme de gestion et d’analyse de données propose et met à disposition des utilisateurs un ensemble de compétences, de ressources machines et de ressources logicielles couvrant le domaine du traitement, de l’analyse, du développement instrumental ainsi que des mathématiques/statistiques, permettant ainsi de proposer une offre ciblée allant de la reconstruction des données brutes jusqu’à leur exploitation. Selon la demande de l’utilisateur, le personnel dédié évaluera les besoins et proposera un service adapté allant de l’accompagnement jusqu’à la mise en autonomie.

EXPERTISES

EQUIPEMENTS

La plateforme s’appuie également sur un parc de stations d’analyses disposant de capacités de calcul – suffisantes pour l’analyse de grands volumes de données et de cartes graphiques performantes pour la modélisation et la visualisation d’images 3D & 4D à très haute résolution à l’aide des logiciels le plus performants du moment.

3 licences Imaris (Bitplane)

  • 3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking

2 licences Amira (ThermoFisher)

  • 3D modeling, 3D & 4D image processing

1 licence Vision 4D (Arivis)

  • 3D & 4D modeling, pixel & object classification
iLastik Machine Learning

CONTACT

Mathieu Vigneau

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins :

  • Conseils et accompagnement de l’utilisateur au travers des différentes étapes de traitement et d’analyse des données
  • Accompagnement sur l’utilisation des ressources matérielles et logicielles
  • Formation et mise en autonomie à l’utilisation des ressources logicielles
  • Développement sur demande de scripts spécifiques pour le traitement et l’analyse de gros volumes de données
  • Accompagnement, sous forme de collaboration, dans la mise en place de projets de recherche et de développement