Archives des Services CERT

Modèles de vieillissement

L’institut propose une expertise dans plusieurs modèles de vieillissement notamment chez les poissons tels que Brachyodanio rerio et Nothobroanchius furzeri.

Ces espèces ont été choisies principalement pour leur homologie avec les phénomènes étudiés chez l’homme (physiologique, clinique…), pour les outils techniques qui peuvent être mis en place (outils génétiques permettant par exemple l’accès à des lignées mutées, physique tel que l’imagerie, chirurgicaux permettant le développement de modèles et l’utilisation de biomatériaux) ainsi que pour les données bibliographiques liées à ces espèces.

La Zootechnie expérimentale murine propose la mise en œuvre de procédures expérimentales en confinement A2 sur des modèles murins et de statut sanitaire conventionnel.

3 salles de stabulation et 1 laboratoire d’expérimentation. Possibilité d’hébergement et manipulation d’agents pathogènes de classe 2.
Zootechnie de production assurant l’élevage et l’hébergement de souris transgéniques.

Oxygraphes

Les oxygraphes de type Oroboros présents sur le CERT sont des instruments très sensibles grâce à leurs cuves hermétiques et leurs sondes de Clark. Ils permettent d’étudier l’activité mitochondriale sur tissus (homogénats, perméabilisés), cellules et mitochondries isolées grâce à l’utilisation de différents substrats et drogues. Les oxygraphes de type Oroboros ne sont pas limités en nombre d’injection par expérience ce qui permet une étude plus précise de l’activité mitochondriale :

2 oxygraphes Oroboros
2 cuves indépendantes par oxygraphes

assurent le conseil dans l’élaboration des manipulations,
forment les utilisateurs,
assistent les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
accompagnent les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Chercheur INSERM

Jean-Philippe PRADERE

Responsable Zootechnie Aquatique

Professeure Université

Agnès COSTE

Responsable Zootechnie Murine 1

MCU Université Toulouse

Hélène AUTHIER

Co-Responsable Zootechnie Murine 1

IE INSERM

Yannick JEANSON

Responsable Zootechnie Murine 2

AI INSERM

Caroline NEVOIT

Zootechnie

Technicienne INSERM

Gwendoline ASTRE

Zootechnie

Technicien Université

Philippe BATIGNE

Zootechnie Murine 1

Fluxomique

Depuis quelques années, l’étude du métabolisme est au cœur des problématiques de physiologie et de santé. Les applications sont nombreuses et incluent la compréhension fondamentale de la physiologie, des pathologies, l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou encore le suivi post-thérapeutique individualisé. La capacité à appréhender le métabolisme est donc un enjeu majeur dans la compréhension du vieillissement et dans la lutte contre des maladies telles que le cancer.

eMotion est une plateforme (ouverte à la communauté scientifique) dont le responsable scientifique est le Pr. Jean-Charles Portais et qui a pour vocation de rassembler les outils et l’expertise permettant de mesurer les flux de carbone (matière) et d’électrons (énergie) à l’échelle de la cellule ou de l’organisme. eMotion est constituée de 2 plateaux et d’un dispositif expérimental :

Le dispositif d’expérimentation métabolique (Responsable Dr Yannick Jeanson) qui intègre toutes les étapes expérimentales allant de la conception de l’expérience à sa réalisation jusqu’à la collecte d’échantillons.
Le plateau FluxoVivo (Responsable Dr Spiro Khoury) qui est dédié à la mesure des flux de carbone par des approches de marquage isotopique.
Le plateau RedoxHome (Responsable Dr Yannick Jeanson) qui regroupe différents équipements permettant d’étudier les flux d’électrons.

Le nom eMotion contient l’idée de dynamique, l’objectif du dispositif étant d’accéder de la manière la plus complète possible à la dynamique du métabolisme.

Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

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Yannick Jeanson

Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, activité mitochondriale

Spiro Khoury

assurent le conseil dans l’élaboration des manipulations,
forment les utilisateurs,
assistent les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
accompagnent les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Physioxie / Hypoxie

Cet incubateur mime les conditions d’oxygénation physiologiques des cellules ou des tissus tout au long de leur culture, sans fluctuation de l’environnement atmosphérique. Il permet d’étudier les différentes populations de cellules souches dans des conditions proches de celles rencontrées in vivo et d’aboutir à de nouvelles pistes thérapeutiques (article complet).

L’appareil X-Vivo (Biospherix) est une enceinte ayant une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène. Il permet, grâce à ses différents modules, de réaliser en simultané différentes cultures avec différents taux d’oxygène (1%, 2%, 5%, …) selon les demandes expérimentales et ce tout au long de la culture :

6 incubateurs indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
2 modules de travail indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
2 sas indépendants de transfert
1 module avec un microscope

Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

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Yannick Jeanson

PhD- Ingénieur Inserm

Vieillissement, fragilité, cancer, métabolisme redox, hypoxie, flexibilité métabolique, lipides, fibroblastes, cellules souches mésenchymateuses

Isabelle Ader

PhD- Chargée de recherche Inserm

Autorisent l’accès aux appareillages après formation préalable
Conseillent pour la conception des expériences en hypoxie
Réalisent un service à façon pour la réalisation de vos études en hypoxie.

Génomique / Transcriptomique

Designed by kotkoa (DNA) and starline (background) / Freepik. Modifié

Formation sur les instruments de qPCR (en libre accès)

Mise en place d’un protocole expérimental

Analyse et interprétation des résultats
Utilisation d’un automate de distribution plaque 384 puits

» Contrôle qualité des acides nucléiques

» Projets bulk RNA

En amont du séquençage: plan expérimental, contrôle qualité des ARN, réalisation des librairies
Interface avec les plateformes de séquençage
En aval : analyses bio info (contrôle qualité, alignement, analyses différentielles)

» Projets SingleCell RNAseq

Instruments de PCR quantitative
- QS5 (384 puits) – Applied
- LC480 (384 puits) – Roche
- StepOne (96 puits) – Applied
- CFX96 (96 puits) – Biorad

Automate de pipetage
- epMotion 5075 Eppendorf

Emmanuelle Arnaud

Responsable transcriptomique

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Karine Fata

Technicienne - UPS-UT3

Mécanobiologie – AFM BioFab

La plateforme de Mécanobiologie AFM développe de nouvelles approches automatisées d’acquisition des propriétés mécaniques des cellules, des populations cellulaires et des tissus.

NanoWizard® II de JPK (Life Science Version) couplé à une microscope inversé à fluorescence Zeiss

Bioscope Catalyst de Bruker couplé à une microscope inversé à fluorescence Nikon

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Childerick Severac

PhD - IR CNRS

Technicien - UPS-UT3

Clément De Vecchi

Impression 3D

assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
forme les utilisateurs,
assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Imagerie

Lightsheet ZEISS Z7

Le Z7 permet d’illuminer un plan entier de l’échantillon à l’aide d’une feuille de lumière en profondeur. L’assemblage de ces acquisitions permet de reconstituer une image 3D de l’échantillon. Cet appareil permet une visualisation rapide en profondeur de grands échantillons tout en ayant de faible risque de photoblanchiment et phototoxicité

MacroSPIM (indisponible)

Le MacroSPIM est macroscope basé sur une excitation à feuille de lumière. Il permet de visualiser après transparisation, de tissus et d’organes entiers en 3D et en profondeur par sectionnement optique. Cet équipement unique basé sur un développement mené à Barcelone (IRB), est aujourd’hui, au sein du CERT, mis à la disposition de toute la communauté scientifique.

Confocal biphotonique

Le CERT est également équipé d’un microscope LSM880 confocal avec un laser multiphoton allant de 690 à 1300 nm. L’utilisation de ce laser infrarouge (dont les longueurs d’ondes sont plus élevées qu’en microscopie à fluorescence conventionnelle) va permettre de pénétrer plus en profondeur dans des échantillons vivants et ainsi autoriser des acquisitions en 3D et en profondeur.

imagerie spectrale1_acquisition spectrale 6 couleurs pour site web cert bis

imagerie spectrale 3_autofluo en spectral

imagerie spectral 4_ génération de seconde harmonique (SHG) image seule

imagerie spectrale 2__séparation des spectres qui se chevauchent (image1)

Microscopie confocale

Le CERT possède un microscope confocal et bi photonique AxioExaminer (LSM 880 Zeiss) équipé d’un laser pulsé Ti/Sa (Chohérent) (NLO) et de 3 lasers visibles.

Ce microscope, grâce à la technologie QUASAR, offre le gros avantage de pouvoir réaliser une détection spectrale simultanée en un seul balayage. On peut ainsi, en une seule acquisition, sans perte de temps et sans décalage spatio-temporel, faire l’acquisition et parfaitement séparer plus de 4 fluorochromes dont les spectres se chevauchent.

Cette technologie permet également de s’affranchir du signal d’autofluorescence généré par les tissus.
Le système NLO donne par ailleurs accès au signal de génération de seconde harmonique (SHG) permettant ainsi de révéler notamment l’organisation des fibres de collagène de la matrice extracellulaire ou encore les stries des muscles squelettiques sans faire de marquage.
Ce matériel permet également de réaliser de l’imagerie 3D et 4D in vivo chez le petit animal.

Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM

La microscopie en temps réel consiste à imager au cours du temps avec une résolution cellulaire des échantillons vivants, maintenus dans des conditions de température et respiratoires compatibles avec la survie des échantillons qu’il s’agissent de cultures cellulaires ou bien d’organismes entiers (souris, poissons, drosophiles) en passant par des explants tissulaires ou des sphéroïdes.

Nous disposons sur le plateau des équipements nécessaires permettant de réaliser ce type d’imagerie (Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM) adossés aux modules de contrôle des paramètres de survie des échantillons (chambres thermostatées, CO2, système d’anesthésie, respiratoire et de monitoring du petit animal).

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Corinne Barreau

Responsable Imagerie Confocale, Multiphotonique et Spectrale

Claire Dupont

Responsable Imagerie Champs large, Incucyte et Feuille de lumière

assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
assurant la formation des utilisateurs,
assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Cytométrie

Le plateau de cytométrie RESTORE, rattaché à la Plateforme Toulouse Réseau Imagerie, est certifié Iso 9001 version 2015. Le plateau dispose d’un trieur de cellules, de deux analyseurs et d’un cytomètre en image, associé à une forte expertise sur des approches concernant les cellules issues de tissus solides (tissus adipeux, muscles, gencives…). La totalité des appareils est intégrée dans une zone de confinement L2.

L’utilisation des appareils du plateau est ouverte aux équipes de recherche d’établissement public et privés, sous réserve d’acceptation des projets par le responsable.

Fortessa X20 (BD biosciences)

Le Fortessa X20 est équipé de 5 lasers : 488nm blue, 405nm violet, 355nm UV, 640nm red, 561nm yellow-green, pouvant lire 19 paramètres. Le Fortessa présent sur la plateforme est également équipé d’un passeur de plaques 96 puits. Le plateau est équipé des logiciels d’analyses DIVA, Flowlogic et Kaluza, utilisables sur place sous conditions de réservation.

MACSQuant 10 (Miltenyi)

Le MACSQuant est équipé de 3 lasers : 405nm, 488nm et 640nm, pouvant ainsi lire 10 paramètres. Ce cytomètre est également équipé d’un passeur de plaque, d’un module de marquage et de dilution automatique. Il permet de standardiser des expériences.

Les analyseurs sont en accès libre pour les utilisateurs ayant suivi une formation obligatoire dispensée par le personnel du plateau.

ARIA FUSION

Le trieur présent sur le plateau, sous ambiance stérile, est un ARIA Fusion (BD Biosciences) équipé de 4 lasers : 561nm yellow-green, 407nm violet, 633nm red, 488nm blue, pouvant lire 18 paramètres.

Le trieur présent sur le plateau est équipé des accessoires suivant :

tri en 4 voies
tri en tubes de 1.5ml, 2ml, 5ml, 15ml
buse de 70µm, 85µm, 100µm
module de réfrigération en entrée et en sortie de tri.

Les tris sont assurés par le personnel du plateau sous forme de prestation de service à la demande des équipes de recherche et après acceptation par le responsable du plateau.

Image Stream X

Les applications spécifiques à l’Image Stream X sont multiples, nous pouvons notamment citer :

l’analyse de morphologie,
l’internalisation,
la signalisation cellulaire et translocation moléculaire,
la co-localisation, interactions cellulaires, cycle cellulaire, apoptose,
le comptage de spots,
l’autophagie et la mort cellulaire.

Le plateau dispose d’un cytomètre en image : Image Stream X Mark II (Merck-Luminex). Cet appareil est équipé de 3 objectifs (20x, 40x et 60x, de 3 lasers (405nm, 488nm et 642nm) et d’une caméra et peut donc lire 6 paramètres simultanément.

Les fichiers d’images constitués de dizaines de milliers d’images de cellules peuvent être analysés de manière routinière en utilisant le logiciel IDEAS : analyse jusqu’à 500 paramètres morphométriques et photométriques pour chaque image de cellule utilisant des algorithmes brevetés. Le logiciel est présent sur le plateau est utilisable sous conditions de réservation.

Les acquisitions sont assurées par le personnel du plateau sous forme de « prestation de service » à la demande des équipes de recherche et après acceptation par le responsable du plateau. Les analyses peuvent être réalisées avec l’aide ou sous la supervision du personnel du plateau, sous forme de prestation et service ou de collaboration.

L'Image Stream est en accès libre pour les utilisateurs ayant suivi une formation obligatoire dispensée par le personnel du plateau.

Marie-Laure Renoud

Responsable

Magali Dunoyer

Assistante ingénieur

assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
assurant la formation des utilisateurs,
assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Pour les utilisateurs réguliers : Réservation directe

Gestion, Traitement et Analyse des données

Qu’il s’agisse de données acquises sur ou hors site, la plateforme de gestion et d’analyse de données propose et met à disposition des utilisateurs un ensemble de compétences, de ressources machines et de ressources logicielles couvrant le domaine du traitement, de l’analyse, du développement instrumental ainsi que des mathématiques/statistiques, permettant ainsi de proposer une offre ciblée allant de la reconstruction des données brutes jusqu’à leur exploitation. Selon la demande de l’utilisateur, le personnel dédié évaluera les besoins et proposera un service adapté allant de l’accompagnement jusqu’à la mise en autonomie.

Modélisation en 3D de tissus vivants : Imaris & Amira
Traitement d’images 3D en profondeur et résolues dans le temps : Fiji & Icy
Classification automatisée de pixels & d’objets : Ilastik, Vision4D & Matlab
Suivi d’objets résolus dans le temps, sur des images 2D ou 3D d’échantillons vivants : Imaris & Fiji
Automatisation pour le traitement de gros volumes de données : Matlab & Fiji
Analyse statistique de données biologiques : GraphPad Prism
Développement d’interfaces graphiques pour la visualisation et manipulation de données : Matlab
Analyse à haut débit et à haut contenu informatif : HCS Studio & Harmony
Développement de bases de données pour la gestion de données hétérogènes : Matlab, Sql, Php

La plateforme s’appuie également sur un parc de stations d’analyses disposant de capacités de calcul – suffisantes pour l’analyse de grands volumes de données et de cartes graphiques performantes pour la modélisation et la visualisation d’images 3D & 4D à très haute résolution à l’aide des logiciels le plus performants du moment.

3 licences Imaris (Bitplane)

3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking

2 licences Amira (ThermoFisher)

3D modeling, 3D & 4D image processing

1 licence Vision 4D (Arivis)

3D & 4D modeling, pixel & object classification

Plus

Mathieu Vigneau

Ingénieur

Conseils et accompagnement de l’utilisateur au travers des différentes étapes de traitement et d’analyse des données
Accompagnement sur l’utilisation des ressources matérielles et logicielles
Formation et mise en autonomie à l’utilisation des ressources logicielles
Développement sur demande de scripts spécifiques pour le traitement et l’analyse de gros volumes de données
Accompagnement, sous forme de collaboration, dans la mise en place de projets de recherche et de développement

Modèles de vieillissement

La régénération des tissus et des organes représente un enjeu cognitif et médical majeur. L’objectif de notre institut est de comprendre certains des mécanismes sous-jacents pour améliorer/rétablir les capacités de régénération chez l’adulte.

expertises

Oxygraphes

CONTACT

Les ingénieur-e-s de la plateforme évaluent la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins :

Jean-Philippe PRADERE

Agnès COSTE

Hélène AUTHIER

Yannick JEANSON

Caroline NEVOIT

Gwendoline ASTRE

Philippe BATIGNE

Flux Métaboliques

expertises

CONTACTs

Yannick Jeanson

Spiro Khoury

Les ingénieurs responsables de la plateforme évaluent la demande de l’utilisateur et proposent la solution la plus adaptée à ses besoins. Ils :

Physioxie & Hypoxie

expertises

CONTACT

Yannick Jeanson

Isabelle Ader

Un chercheur et un ingénieur experts évaluent la demande de l’utilisateur et :

Génomique & Transcriptomique

Notre plateau accompagne les équipes de RESTORE dans la réalisation et l'analyse de leurs projets d'étude du transcriptome reposant sur des approches de bas/moyen/haut débit ( qPCR, NGS).

Formation sur les instruments de qPCR (en libre accès)

Mise en place d’un protocole expérimental

Analyse et interprétation des résultats

Utilisation d’un automate de distribution plaque 384 puits

» Contrôle qualité des acides nucléiques

» Projets bulk RNA

En amont du séquençage: plan expérimental, contrôle qualité des ARN, réalisation des librairies

Interface avec les plateformes de séquençage

En aval : analyses bio info (contrôle qualité, alignement, analyses différentielles)

» Projets SingleCell RNAseq

Instruments de PCR quantitative

QS5 (384 puits) – Applied

LC480 (384 puits) – Roche

StepOne (96 puits) – Applied

CFX96 (96 puits) – Biorad

Automate de pipetage

epMotion 5075 Eppendorf

CONTACT

Emmanuelle Arnaud

Karine Fata

Mécanobiologie AFM BioFab

Le MécanoBioFab développe des outils technologiques originaux pour accompagner les chercheurs de l’institut dans le domaine de la mesure des propriétés mécaniques des cellules et des tissus et dans le domaine de la fabrication de supports 2D et 3D pour l’élaboration de modèles in-vitro.

expertises

NanoWizard® II de JPK (Life Science Version) couplé à une microscope inversé à fluorescence Zeiss

Bioscope Catalyst de Bruker couplé à une microscope inversé à fluorescence Nikon

CONTACT

Childerick Severac

Clément De Vecchi

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

Imagerie

Un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois ou quatre dimensions des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose d’un panel d’instruments et d’expertises permettant de réaliser ce type d’analyse.

expertises

L’un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois dimensions et en profondeur des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose des instruments et de l’expertise permettant de réaliser ce type d’analyse.

Lightsheet ZEISS Z7​

MacroSPIM (indisponible)

Confocal biphotonique

Des exemples de vidéos réalisées à l'aide de ces instruments

Microscopie confocale

Cette technologie permet de suivre au cours du temps des organismes vivants avec une résolution cellulaire.

Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM

CONTACT

Corinne Barreau

Claire Dupont

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

Cytométrie en flux et en image

expertises

La cytométrie en flux est une technique de caractérisation individuelle, quantitative et qualitative de particules en suspension dans un flux.

Fortessa X20 (BD biosciences)

MACSQuant 10 (Miltenyi)

ARIA FUSION

L'imagerie en flux est une technologie qui permet de bénéficier grâce à un seul et même instrument de la puissance visuelle de la microscopie et de la rigueur statistique associée à la cytométrie en flux.

Image Stream X

CONTACT

Physioxie
& Hypoxie

Mécanobiologie
AFM BioFab

Lightsheet ZEISS Z7

Gestion, Traitement et
Analyse des données