Modèles de vieillissement

Nothobroanchius

Modèles de vieillissement

La régénération des tissus et des organes représente un enjeu cognitif et médical majeur. L’objectif de notre institut est de comprendre certains des mécanismes sous-jacents pour améliorer/rétablir les capacités de régénération chez l’adulte.

Nothobroanchius
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L’institut propose une expertise dans plusieurs modèles de vieillissement notamment chez les poissons tels que Brachyodanio rerio et Nothobroanchius furzeri.

Ces espèces ont été choisies principalement pour leur homologie avec les phénomènes étudiés chez l’homme (physiologique, clinique…), pour les outils techniques qui peuvent être mis en place (outils génétiques permettant par exemple l’accès à des lignées mutées, physique tel que l’imagerie, chirurgicaux permettant le développement de modèles et l’utilisation de biomatériaux) ainsi que pour les données bibliographiques liées à ces espèces.

 

expertises

L’étude des flux métaboliques au sein d’un organisme (intra ou inter-tissulaire) est un enjeu majeur afin d’étudier les dérégulations métaboliques observées au cours du vieillissement ou lors de la mise en place de pathologies telles que les maladies métaboliques ou le cancer.

Module de fluxomique in vivo

Il contient les infrastructures et les appareils nécessaires pour réaliser l’intégralité d’une étude de traçage isotopique in vivo sur souris:

  • Etablissement Utilisateur d’animaux à des fins scientifiques agréé par la DDPP
  • Tables d’anesthésie gazeuse pour la cathétérisation des souris
  • Dispositif de perfusion de substrats marqués au 13C (ou autres isotopes stables) sur souris vigiles (pousse-seringues, portiques, swivels)
  • Prélèvement et préparation des tissus, préparation des échantillons pour l’analyse.

Une littérature fournie démontre que le métabolisme impacte le devenir et l’orientation cellulaire. L’étude des flux métaboliques au niveau cellulaire est fondamentale pour mieux comprendre la biologie de la cellule et prédire ses pertes de fonction au cours du vieillissement ou de la mise en place des maladies métaboliques ou du cancer.

Module de fluxomique in vitro

Il dispose des équipements nécessaires à la réalisation d’une étude de traçage isotopique in vitro dans sa globalité : culture cellulaire sous atmosphère contrôlée en oxygène (cf culture sous atmosphère contrôlée en oxygène), expériences de marquage avec des métabolites marqués au 13C (ou autres isotopes stables), échantillonnage et extraction des métabolites internes (endo-métabolome) ou externes (exo-métabolome):

  • Enceinte à une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène (X-Vivo, Biospherix)
  • Divers équipements pour l’extraction de l’endo- et de l’exo-métabolome
  • Système de quenching (blocage immédiat) du métabolisme in vitro

La mitochondrie est le site majeur de la production d’ATP au sein de la cellule et joue un rôle primordial dans le métabolisme redox cellulaire. L’activité mitochondriale peut être modifiée lors de la mise en place de pathologies telles que les maladies métaboliques, le cancer ou encore lors du vieillissement. Cette activité mitochondriale peut être évaluée grâce à la mesure de la consommation en oxygène à l’aide d’un oxygraphe.

Oxygraphes

Les oxygraphes de type Oroboros présents sur le CERT sont des instruments très sensibles grâce à leurs cuves hermétiques et leurs sondes de Clark. Ils permettent d’étudier l’activité mitochondriale sur tissus (homogénats, perméabilisés), cellules et mitochondries isolées grâce à l’utilisation de différents substrats et drogues. Les oxygraphes de type Oroboros ne sont pas limités en nombre d’injection par expérience ce qui permet une étude plus précise de l’activité mitochondriale :

  • 2 oxygraphes Oroboros

  • 2 cuves indépendantes par oxygraphes

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Foie, tissu adipeux, macrophages, métabolisme, inflammation, vieillissement

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user

Jean-Philippe Pradere

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.
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Fluxomique

Fluxomique

Depuis quelques années, l’étude du métabolisme est au cœur des problématiques de physiologie et de santé. Les applications sont nombreuses et incluent la compréhension fondamentale de la physiologie, des pathologies, l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou encore le suivi post-thérapeutique individualisé. La capacité à appréhender le métabolisme est donc un enjeu majeur dans la compréhension du vieillissement et dans la lutte contre des maladies telles que le cancer.

Dans le cadre d’une initiative conjointe entre les laboratoires RESTORE, CRCT et la plateforme MetaToul, le CERT abrite un dispositif de fluxomique in vivo qui inclut :

  • deux modules permettant la réalisation d’expériences de traçage isotopique (isotopes stables : 13C, 15N, etc) in vivo ou in vitro
  • les équipements nécessaires à la collecte des échantillons et à l’extraction des métabolites
  • une chambre de culture en pression en oxygène contrôlée permettant d’appréhender l’effet des variations de la pression partielle en oxygène sur le métabolisme
  • un plateau de respirométrie pour mesurer les flux de consommation d’oxygène

Les analyses du métabolome, du lipidome et du marquage isotopique sont réalisées sur la plateforme MetaToul, qui dispose d’un parc instrumental (spectrométrie de masse, RMN) et d’une expertise unique en France dans ce domaine. L’ensemble du dispositif et des expertises associées représente une configuration unique en France pour des études approfondies de la dynamique métabolique à différents niveaux d’échelle (de la cellule à l’organisme entier).

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expertises

L’étude des flux métaboliques au sein d’un organisme (intra ou inter-tissulaire) est un enjeu majeur afin d’étudier les dérégulations métaboliques observées au cours du vieillissement ou lors de la mise en place de pathologies telles que les maladies métaboliques ou le cancer.

Module de fluxomique in vivo

Il contient les infrastructures et les appareils nécessaires pour réaliser l’intégralité d’une étude de traçage isotopique in vivo sur souris:

  • Etablissement Utilisateur d’animaux à des fins scientifiques agréé par la DDPP
  • Tables d’anesthésie gazeuse pour la cathétérisation des souris
  • Dispositif de perfusion de substrats marqués au 13C (ou autres isotopes stables) sur souris vigiles (pousse-seringues, portiques, swivels)
  • Prélèvement et préparation des tissus, préparation des échantillons pour l’analyse.

Une littérature fournie démontre que le métabolisme impacte le devenir et l’orientation cellulaire. L’étude des flux métaboliques au niveau cellulaire est fondamentale pour mieux comprendre la biologie de la cellule et prédire ses pertes de fonction au cours du vieillissement ou de la mise en place des maladies métaboliques ou du cancer.

Module de fluxomique in vitro

Il dispose des équipements nécessaires à la réalisation d’une étude de traçage isotopique in vitro dans sa globalité : culture cellulaire sous atmosphère contrôlée en oxygène (cf culture sous atmosphère contrôlée en oxygène), expériences de marquage avec des métabolites marqués au 13C (ou autres isotopes stables), échantillonnage et extraction des métabolites internes (endo-métabolome) ou externes (exo-métabolome):

  • Enceinte à une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène (X-Vivo, Biospherix)
  • Divers équipements pour l’extraction de l’endo- et de l’exo-métabolome
  • Système de quenching (blocage immédiat) du métabolisme in vitro

La mitochondrie est le site majeur de la production d’ATP au sein de la cellule et joue un rôle primordial dans le métabolisme redox cellulaire. L’activité mitochondriale peut être modifiée lors de la mise en place de pathologies telles que les maladies métaboliques, le cancer ou encore lors du vieillissement. Cette activité mitochondriale peut être évaluée grâce à la mesure de la consommation en oxygène à l’aide d’un oxygraphe.

Oxygraphes

Les oxygraphes de type Oroboros présents sur le CERT sont des instruments très sensibles grâce à leurs cuves hermétiques et leurs sondes de Clark. Ils permettent d’étudier l’activité mitochondriale sur tissus (homogénats, perméabilisés), cellules et mitochondries isolées grâce à l’utilisation de différents substrats et drogues. Les oxygraphes de type Oroboros ne sont pas limités en nombre d’injection par expérience ce qui permet une étude plus précise de l’activité mitochondriale :

  • 2 oxygraphes Oroboros

  • 2 cuves indépendantes par oxygraphes

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

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Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.
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Equipements

Physioxie / Hypoxie

Physioxie
& Hypoxie

Au sein des tissus, le taux en oxygène est bien plus faible que celui de l’atmosphère dans lequel les cellules sont classiquement cultivées (21% O2). Afin d’étudier le métabolisme cellulaire dans les conditions proches de celles présentes dans les tissus, il est primordial de les cultiver dans une atmosphère contrôlée en oxygène. L’oxygénation des cellules, au cœur des recherches de l'Inserm et de Restore, a été nobélisée en 2019.

expertises

Cet incubateur mime les conditions d’oxygénation physiologiques des cellules ou des tissus tout au long de leur culture, sans fluctuation de l’environnement atmosphérique. Il permet d’étudier les différentes populations de cellules souches dans des conditions proches de celles rencontrées in vivo et d’aboutir à de nouvelles pistes thérapeutiques (article complet).

L’appareil X-Vivo (Biospherix) est une enceinte ayant une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène. Il permet, grâce à ses différents modules, de réaliser en simultané différentes cultures avec différents taux d’oxygène (1%, 2%, 5%, …) selon les demandes expérimentales et ce tout au long de la culture :

  • 6 incubateurs indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 modules de travail indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 sas indépendants de transfert
  • 1 module avec un microscope

 

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

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Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

PhD- Ingénieur Inserm

Vieillissement, fragilité, cancer, métabolisme redox, hypoxie, flexibilité métabolique, lipides, fibroblastes, cellules souches mésenchymateuses

ADER Isabelle

Isabelle Ader

PhD- Chargée de recherche Inserm

Un chercheur et un ingénieur experts évaluent la demande de l’utilisateur et :

  • Autorisent l’accès aux appareillages après formation préalable
  • Conseillent pour la conception des expériences en hypoxie
  • Réalisent un service à façon pour la réalisation de vos études en hypoxie.
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Equipements

Génomique / Transcriptomique

Designed by kotkoa (DNA) and starline (background) / Freepik. Modifié

Génomique & Transcriptomique

Notre plateforme est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de prestations aux équipes de recherche.

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expertises

Le CERT a développé une solide expertise dans les puces à ADN, la PCR en temps réel à haut débit et le séquençage "nouvelle génération", y compris sur cellules uniques. Les équipements suivants sont accessibles afin de réaliser des mesures d’expression de gènes :

Équipements pour la qualification et quantification des échantillons d’acides nucléiques

  • Spectrophotométrie: Nanodrop 2000
    Spectrofluorimétrie (QuBit 4.0 ThermoFisher Scientific) disponible sur le plateau du CRCT
  • Electrophorèse microfluidique (Fragment Analyser) disponible sur le plateau du CRCT

Équipements de transcriptomique

  • PCR quantitative
    • CFX96® ( 96 puits)-Biorad
    • StepOne (96 puits)-Applied
    • 2x LC480 (384 puits)-Roche
  • Biopuces à ADN
    • Station GeneAtlas Affymetrix
    • Système de NanoString
    • nCounter Analysis System. Utilise des codes barres moléculaires pour détecter et compter des centaines de transcrits uniques (sans amplification).

La réalisation des projets NGS pourra se faire avec le plateau du CRCT.

Les conditions d’accès sont les suivantes :
Avoir pris contact avec le responsable Transcriptomique Avoir reçu une formation sur les instruments et techniques envisagés Avoir réservé les instruments sur le planning de réservation en ligne

Nous vous proposons conseils et accompagnement pour choisir, adapter, réaliser :

  • La construction de biomarqueurs, biosenseurs et rapporteurs fluorescents,
  • l’édition de génome pour modifier les lignées cellulaires ou le petit animal,
  • la validation des constructions réalisées, selon les techniques appropriées d’imagerie, biologie cellulaire, ou biochimie .

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emmanuelle arnaud

Emmanuelle Arnaud

Ingénieure transcriptomique

Odile Mondésert

Ingénieure génomique

Les ingénieures de la plateforme évaluent la demande de l’utilisateur et proposent la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • formant les utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.
Equipements
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Mécanobiologie – AFM BioFab

Mécanobiologie
AFM BioFab

Le MécanoBioFab développe des outils technologiques originaux pour accompagner les chercheurs de l’institut dans le domaine de la mesure des propriétés mécaniques des cellules et des tissus et dans le domaine de la fabrication de supports 2D et 3D pour l’élaboration de modèles in-vitro.

La plateforme de Mécanobiologie AFM développe de nouvelles approches automatisées d’acquisition des propriétés mécaniques des cellules, des populations cellulaires et des tissus.

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macrophage
AFMCollagene2
AFMAutomation

expertises

Auparavant cantonné au domaine de la physique, l’AFM se démarque progressivement par des utilisations de plus en plus spécifiques à la biologie. Cet outil permet en effet non seulement de mesurer avec une précision nanométrique la topographie d’une surface vivante ou inerte mais aussi et surtout d’accéder aux propriétés mécaniques (rigidité, élasticité, adhésion, etc…) .

La plateforme de Mécanobiologie AFM développe de nouvelles approches automatisées d’acquisition des propriétés mécaniques des cellules, des populations cellulaires et des tissus.

NanoWizard® II de JPK (Life Science Version) couplé à une microscope inversé à fluorescence Zeiss

Bioscope Catalyst de Bruker couplé à une microscope inversé à fluorescence Nikon

NanoWizard® II de JPK (Life Science Version) couplé à une microscope inversé à fluorescence Zeiss

Disposant d'outils de fabrication 3D et d’impression sur surface 2D, le BioFab offre avant tout les moyens d'intégrer des cultures in-vitro d’organoïdes ou de tissus artificiels et supports physiques innovants ou capteurs physiques. L’expertise proposée vise à faciliter l'accès aux innovations technologiques issues des FabLab et des centrales technologiques.

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Childerick_Severac

Childerick Severac

PhD - IR CNRS

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.
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Imagerie

Imagerie

Un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois ou quatre dimensions des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose d’un panel d’instruments et d’expertises permettant de réaliser ce type d’analyse.

expertises

L’un des challenges en imagerie biologique est de visualiser en trois dimensions et en profondeur des structures biologiques et des organismes vivants. Le CERT dispose des instruments et de l’expertise permettant de réaliser ce type d’analyse.

TA-segmentation2 Ci-dessus : deux reconstructions en 3 dimensions de l'ensemble du tissu adipeux inguinal de souris. En bas, la segmentation des différents compartiments cellulaires est mise en évidence.

SPIM

Un nouveau microscope basé sur une excitation à feuille de lumière, le SPIM (Selective Plane Illumination Microscope), permettant non seulement un sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur pour le vivant et offrant des possibilités d’acquisition en multi-vues, ouvre de nouvelles perspectives dans l’observation biologique. Cet équipement unique est aujourd’hui mis à la disposition de toute la communauté scientifique.

MacroSPIM

Le MacroSPIM, macroscope basé sur une excitation à feuille de lumière, permet de visualiser après transparisation, des tissus et des organes entiers par sectionnement optique rapide, en 3D et en profondeur. Il offre des possibilités d’acquisition en multivues, ouvre de nouvelles perspectives dans l’observation biologique. Cet équipement unique basé sur un développement mené à Barcelone (IRB), est aujourd’hui, au sein du CERT, mis à la disposition de toute la communauté scientifique.

Confocal biphotonique

Enfin, le CERT est également équipé avec un microscope confocal biphotonique.   L’utilisation à l’excitation d’un laser infrarouge utilisant des longueurs d’ondes plus élevées qu’en microscopie à fluorescence conventionnelle va permettre de pénétrer plus en profondeur dans des échantillons vivants et ainsi autoriser des acquisitions en 3D et en profondeur.

Des exemples de vidéos réalisées à l'aide de ces instruments

L’imagerie spectrale couplée au démixage linéaire est la technique de choix pour détecter et différencier des fluorophores dans un échantillon biologique, même dans les situations où il existe un chevauchement spectral. L'autofluorescence peut également être traitée comme un fluorophore distinct à résoudre du signal qui vous intéresse.

imagerie spectrale1_acquisition spectrale 6 couleurs pour site web cert bis
imagerie spectrale 3_autofluo en spectral
imagerie spectral 4_ génération de seconde harmonique (SHG) image seule
imagerie spectrale 2__séparation des spectres qui se chevauchent (image1)

Microscopie confocale

Le CERT possède un microscope confocal et bi photonique AxioExaminer (LSM 880 Zeiss) équipé d’un laser pulsé Ti/Sa (Chohérent) (NLO) et de 3 lasers visibles. 

Ce microscope, grâce à la technologie QUASAR, offre le gros avantage de pouvoir réaliser une détection spectrale simultanée en un seul balayage. On peut ainsi, en une seule acquisition, sans perte de temps et sans décalage spatio-temporel, faire l’acquisition et parfaitement séparer plus de 4 fluorochromes dont les spectres se chevauchent.

  • Cette technologie permet également de s’affranchir du signal d’autofluorescence généré par les tissus.
  • Le système NLO donne par ailleurs accès au signal de génération de seconde harmonique (SHG) permettant ainsi de révéler notamment l’organisation des fibres de collagène de la matrice extracellulaire ou encore les stries des muscles squelettiques sans faire de marquage.
  • Ce matériel permet également de réaliser de l’imagerie 3D et 4D in vivo chez le petit animal.

Cette technologie permet de suivre au cours du temps des organismes vivants avec une résolution cellulaire.

Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM

La microscopie en temps réel consiste à imager au cours du temps avec une résolution cellulaire des échantillons vivants, maintenus dans des conditions de température et respiratoires compatibles avec la survie des échantillons qu’il s’agissent de cultures cellulaires ou bien d’organismes entiers (souris, poissons, drosophiles) en passant par des explants tissulaires ou des sphéroïdes.

Nous disposons sur le plateau des équipements nécessaires permettant de réaliser ce type d’imagerie (Vidéomicroscopes, Biphotons, SPIM) adossés aux modules de contrôle des paramètres de survie des échantillons  (chambres thermostatées, CO2, système d’anesthésie, respiratoire et de monitoring du petit animal).

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Corinne barreau 3

Corinne Barreau

PhD
laetitia.pieruccioni

Laetitia Pieruccioni

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.
Equipements
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Cytométrie

Cytométrie

Le plateau permet le phénotypage des cellules par la détection et l’identification de molécules membranaires et intracellulaires. Afin de purifier une sous-population cellulaire, nous réalisons également des tris cellulaires à haut débit, reposant sur des analyses cellulaires multi-paramétriques. Ces sous-populations pourront ensuite être étudiées pour différents paramètres (transcriptome, protéome, transfert in vivo…).

Le plateau de cytométrie RESTORE, rattaché à la Plateforme Toulouse Réseau Imagerie, est certifié Iso 9001 version 2015. Le plateau dispose d’un trieur de cellules, de deux analyseurs et d’un cytomètre en image, associé à une forte expertise sur des approches concernant les cellules issues de tissus solides (tissus adipeux, muscles, gencives…). La totalité des appareils est intégrée dans une zone de confinement L2.

L’utilisation des appareils du plateau est ouverte aux équipes de recherche d’établissement public et privés, sous réserve d’acceptation des projets par le responsable.

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expertises

La cytométrie en flux est une technique de caractérisation individuelle, quantitative et qualitative de particules en suspension dans un flux.

Fortessa X20 (BD biosciences)

Le Fortessa X20 est équipé de 5 lasers : 488nm blue, 405nm violet, 355nm UV, 640nm red, 561nm yellow-green, pouvant lire 19 paramètres. Le Fortessa présent sur la plateforme est également équipé d’un passeur de plaques 96 puits. Le plateau est équipé des logiciels d’analyses DIVA, Flowlogic et Kaluza, utilisables sur place sous conditions de réservation.

MACSQuant 10 (Miltenyi)

Le MACSQuant est équipé de 3 lasers : 405nm, 488nm et 640nm, pouvant ainsi lire 10 paramètres. Ce cytomètre est également équipé d’un passeur de plaque, d’un module de marquage et de dilution automatique. Il permet de standardiser des expériences.

Les analyseurs sont en accès libre pour les utilisateurs ayant suivi une formation obligatoire dispensée par le personnel du plateau.

Le tri de cellules par cytométrie en flux permet d'isoler et de récupérer une ou plusieurs sous-populations cellulaires selon des critères de taille, de granulorité et de fluorescence. Nous sommes par exemple capables de trier des cellules représentant 0.1% de la fraction stromale vasculaire du tissu adipeux.

ARIA FUSION
ARIA FUSION

ARIA FUSION

Le trieur présent sur le plateau, sous ambiance stérile, est un ARIA Fusion (BD Biosciences) équipé de 4 lasers : 561nm yellow-green, 407nm violet, 633nm red, 488nm blue, pouvant lire 18 paramètres.

Le trieur présent sur le plateau est équipé des accessoires suivant :

  • tri en 4 voies
  • tri en tubes de 1.5ml, 2ml, 5ml, 15ml
  • buse de 70µm, 85µm, 100µm
  • module de réfrigération en entrée et en sortie de tri.

Les tris sont assurés par le personnel du plateau sous forme de prestation de service à la demande des équipes de recherche et après acceptation par le responsable du plateau.

L'imagerie en flux est une technologie qui permet de bénéficier grâce à un seul et même instrument de la puissance visuelle de la microscopie et de la rigueur statistique associée à la cytométrie en flux.

Image Stream X
Image Stream X

Image Stream X

Les applications spécifiques à l’Image Stream X sont multiples, nous pouvons notamment citer :

  • l’analyse de morphologie,
  • l’internalisation,
  • la signalisation cellulaire et translocation moléculaire,
  • la co-localisation, interactions cellulaires, cycle cellulaire, apoptose,
  • le comptage de spots,
  • l’autophagie et la mort cellulaire.

Le plateau dispose d’un cytomètre en image : Image Stream X Mark II (Merck-Luminex). Cet appareil est équipé de 3 objectifs (20x, 40x et 60x, de 3 lasers (405nm, 488nm et 642nm) et d’une caméra et peut donc lire 6 paramètres simultanément.

Les fichiers d’images constitués de dizaines de milliers d’images de cellules peuvent être analysés de manière routinière en utilisant le logiciel IDEAS : analyse jusqu’à 500 paramètres morphométriques et photométriques pour chaque image de cellule utilisant des algorithmes brevetés. Le logiciel est présent sur le plateau est utilisable sous conditions de réservation.

Les acquisitions sont assurées par le personnel du plateau sous forme de “prestation de service” à la demande des équipes de recherche et après acceptation par le responsable du plateau. Les analyses peuvent être réalisées avec l’aide ou sous la supervision du personnel du plateau, sous forme de prestation et service ou de collaboration.

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Marie-Laure Renoud 2

Marie-Laure Renoud

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des panels multi-couleurs,
  • assurant la formation des utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.
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Equipements

Pour les utilisateurs réguliers : Réservation directe

Gestion, Traitement et Analyse des données

Gestion, Traitement et
Analyse des données

Dans le cycle de vie d’une donnée biologique, qui va de son acquisition jusqu’à la mise en forme de résultats, le traitement et l’analyse constituent une étape clef pour associer un sens à la donnée. L’analyse est donc un ensemble d’opérations mathématiques et statistiques dont le but est d’améliorer la qualité de la donnée, et d’en extraire l’information pertinente.

Qu’il s’agisse de données acquises sur ou hors site, la plateforme de gestion et d’analyse de données propose et met à disposition des utilisateurs un ensemble de compétences, de ressources machines et de ressources logicielles couvrant le domaine du traitement, de l’analyse, du développement instrumental ainsi que des mathématiques/statistiques, permettant ainsi de proposer une offre ciblée allant de la reconstruction des données brutes jusqu’à leur exploitation. Selon la demande de l’utilisateur, le personnel dédié évaluera les besoins et proposera un service adapté allant de l’accompagnement jusqu’à la mise en autonomie.
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Image2-SiteWeb_CERT_TAI
Image3-SiteWeb_CERT_TAI
Image1-SiteWeb_CERT_TAI

EXPERTISES

  • Modélisation en 3D de tissus vivants : Imaris & Amira
  • Traitement d’images 3D en profondeur et résolues dans le temps : Fiji & Icy
  • Classification automatisée de pixels & d’objets : Ilastik, Vision4D & Matlab
  • Suivi d’objets résolus dans le temps, sur des images 2D ou 3D d’échantillons vivants : Imaris & Fiji
  • Automatisation pour le traitement de gros volumes de données : Matlab & Fiji
  • Analyse statistique de données biologiques : GraphPad Prism
  • Développement d’interfaces graphiques pour la visualisation et manipulation de données : Matlab
  • Analyse à haut débit et à haut contenu informatif : HCS Studio & Harmony
  • Développement de bases de données pour la gestion de données hétérogènes : Matlab, Sql, Php

EQUIPEMENTS

La plateforme s’appuie également sur un parc de stations d’analyses disposant de capacités de calcul – suffisantes pour l’analyse de grands volumes de données et de cartes graphiques performantes pour la modélisation et la visualisation d’images 3D & 4D à très haute résolution à l’aide des logiciels le plus performants du moment.

3 licences Imaris (Bitplane)

  • 3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking

2 licences Amira (ThermoFisher)

  • 3D modeling, 3D & 4D image processing

1 licence Vision 4D (Arivis)

  • 3D & 4D modeling, pixel & object classification
Suite Equipements
iLastik Machine Learning

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Mathieu Vigneau

Mathieu Vigneau

Ingénieur

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins :

  • Conseils et accompagnement de l’utilisateur au travers des différentes étapes de traitement et d’analyse des données
  • Accompagnement sur l’utilisation des ressources matérielles et logicielles
  • Formation et mise en autonomie à l’utilisation des ressources logicielles
  • Développement sur demande de scripts spécifiques pour le traitement et l’analyse de gros volumes de données
  • Accompagnement, sous forme de collaboration, dans la mise en place de projets de recherche et de développement
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