Data Management, Processing and Analysis

Data Management, Processing and Analysis

In the life cycle of a biological data, which goes from its acquisition to the formatting of results, the processing and analysis constitute a key step to making sens of the data. Analysis uses a set of mathematical and statistical operations whose goal is to improve the quality of the data and to extract relevant information.

Whether the data is acquired on or off site, the data management and analysis platform offers a set of skills and makes available to users computing and software resources covering the fields of processing, analysis, instrumental development and mathematics/statistics. It is therefore possible to propose targeted offers ranging from the reconstruction of raw data to their exploitation. Depending on the user’s request, dedicated staff will evaluate the needs and propose an adapted service ranging from support to autonomy.

EXPERTISE

EQUIPEMENTS

The platform relies on a set of analysis stations with sufficient computing power and high-performance graphics cards for the analysis of large volumes of data, the modeling and the visualization of very high-resolution 3D & 4D images using the most powerful software available at the moment.

3  Imaris (Bitplane) licences

  • 3D & 4D modeling, 2D & 3D tracking

2 Amira (ThermoFisher) licences

  • 3D modeling, 3D & 4D image processing

1 Vision 4D (Arivis) licence

  • 3D & 4D modeling, pixel & object classification
iLastik Machine Learning

CONTACT

Mathieu Vigneau

Research Engineer

The platform's engineer evaluates the user's request and proposes the most suitable solution to his needs:

  • Advice and support of the user at the various stages of data processing and analysis
  • Hardware and software use support
  • Software training until users become autonomous
  • Development on request of specific scripts for the processing and analysis of large volumes of data
  • Support in the implementation of research and development projects in the form of collaboration

Cytometry

Cytometry

The platform allows the phenotyping of cells through the detection and identification of membrane and intracellular molecules. In order to purify a cell subpopulation, we also perform high throughput cell sorting, based on multi-parametric cell analysis. These subpopulations can then be studied for different parameters (transcriptome, proteome, in vivo transfer...).

RESTORE cytometry platform is a partner of the Toulouse Imaging Network Platform (TRI). It is certified ISO 9001 version 2015. The platform has a cell sorter, two analyzers and an image cytometer and offers a strong expertise on cells coming from solid tissues (adipose tissue, muscles, gums…). All the equipment is integrated in a L2 containment area.

The use of the equipment is open to research teams from public and private institutions, subject to acceptance of the projects by the manager.

expertise

CONTACT

Marie-Laure Renoud 2

Marie-Laure Renoud

Engineer

The platform's engineer evaluates the user's request and proposes the most suitable solution for his needs:

  • providing advice in the development of multi-color panels,
  • providing training to users,

  • assisting users in the analysis and interpretation of their results,

  • assisting users in the implementation of research and development projects, in the form of collaboration.

Pour les utilisateurs réguliers : Réservation directe

Imaging

Imaging

One of the challenges in biological imaging is to visualize biological structures and living organisms in three or four dimensions. CERT has a range of instruments and expertise to perform this type of analysis.

expertise

CONTACT

Corinne Barreau

Engineer
laetitia.pieruccioni

Laetitia Pieruccioni

Engineer

The platform engineers evaluate the user's request and propose the most suitable solution for his needs by :

  • providing advice in the development of multi-color panels,
  • ensuring the training of users,
  • assisting users in the analysis and interpretation of their results,
  • assisting users in the implementation of research and development projects, in the form of collaboration.

Mécanobiologie – AFM BioFab (Anglais)

Mechanobiology
AFM BioFab

The MecanoBioFab develops original technological tools to support the institute's researchers in both the field of mechanical properties measurements on cells and tissues and in the field of manufacturing 2D and 3D supports for the elaboration of in-vitro models.

The AFM Mechanobiology platform develops new automated approaches to acquire the mechanical properties of cells, cell populations and tissues.

expertises

CONTACT

Childerick Severac

PhD - IR CNRS

The platform engineer evaluates the user's request and proposes the most suitable solution for his needs. He :

  • provides advice in the design of experiments,
  • trains the users,
  • assists users in the analysis and interpretation of their results,
  • assists users in setting up research projects through collaboration with CERT.

Génomique / Transcriptomique (Anglais)

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Génomique & Transcriptomique

Notre plateforme est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de prestations aux équipes de recherche.

expertises

CONTACT

emmanuelle arnaud

Emmanuelle Arnaud

Ingénieure transcriptomique
odilemondesert

Odile Mondésert

Ingénieure génomique

Les ingénieures de la plateforme évaluent la demande de l’utilisateur et proposent la solution la plus adaptée à ses besoins en :

  • assurant le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • formant les utilisateurs,
  • assistant les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagnant les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Physioxie / Hypoxie (Anglais)

Physioxie
& Hypoxie

Au sein des tissus, le taux en oxygène est bien plus faible que celui de l’atmosphère dans lequel les cellules sont classiquement cultivées (21% O2). Afin d’étudier le métabolisme cellulaire dans les conditions proches de celles présentes dans les tissus, il est primordial de les cultiver dans une atmosphère contrôlée en oxygène. L’oxygénation des cellules, au cœur des recherches de l'Inserm et de Restore, a été nobélisée en 2019.

expertises

Cet incubateur mime les conditions d’oxygénation physiologiques des cellules ou des tissus tout au long de leur culture, sans fluctuation de l’environnement atmosphérique. Il permet d’étudier les différentes populations de cellules souches dans des conditions proches de celles rencontrées in vivo et d’aboutir à de nouvelles pistes thérapeutiques (article complet).

L’appareil X-Vivo (Biospherix) est une enceinte ayant une atmosphère entièrement contrôlée en oxygène. Il permet, grâce à ses différents modules, de réaliser en simultané différentes cultures avec différents taux d’oxygène (1%, 2%, 5%, …) selon les demandes expérimentales et ce tout au long de la culture :

  • 6 incubateurs indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 modules de travail indépendants avec un contrôle spécifique du taux en oxygène
  • 2 sas indépendants de transfert
  • 1 module avec un microscope

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Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

PhD- Ingénieur Inserm

Vieillissement, fragilité, cancer, métabolisme redox, hypoxie, flexibilité métabolique, lipides, fibroblastes, cellules souches mésenchymateuses

ADER Isabelle

Isabelle Ader

PhD- Chargée de recherche Inserm

Un chercheur et un ingénieur experts évaluent la demande de l’utilisateur et :

  • Autorisent l’accès aux appareillages après formation préalable
  • Conseillent pour la conception des expériences en hypoxie
  • Réalisent un service à façon pour la réalisation de vos études en hypoxie.

Fluxomique (Anglais)

Fluxomique

Depuis quelques années, l’étude du métabolisme est au cœur des problématiques de physiologie et de santé. Les applications sont nombreuses et incluent la compréhension fondamentale de la physiologie, des pathologies, l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou encore le suivi post-thérapeutique individualisé. La capacité à appréhender le métabolisme est donc un enjeu majeur dans la compréhension du vieillissement et dans la lutte contre des maladies telles que le cancer.

Dans le cadre d’une initiative conjointe entre les laboratoires RESTORE, CRCT et la plateforme MetaToul, le CERT abrite un dispositif de fluxomique in vivo qui inclut :

  • deux modules permettant la réalisation d’expériences de traçage isotopique (isotopes stables : 13C, 15N, etc) in vivo ou in vitro
  • les équipements nécessaires à la collecte des échantillons et à l’extraction des métabolites
  • une chambre de culture en pression en oxygène contrôlée permettant d’appréhender l’effet des variations de la pression partielle en oxygène sur le métabolisme
  • un plateau de respirométrie pour mesurer les flux de consommation d’oxygène

Les analyses du métabolome, du lipidome et du marquage isotopique sont réalisées sur la plateforme MetaToul, qui dispose d’un parc instrumental (spectrométrie de masse, RMN) et d’une expertise unique en France dans ce domaine. L’ensemble du dispositif et des expertises associées représente une configuration unique en France pour des études approfondies de la dynamique métabolique à différents niveaux d’échelle (de la cellule à l’organisme entier).

expertises

CONTACT

Métabolisme, adipocytes, métabolomique, fluxomique, traçage isotopique in vitro/in vivo, culture cellulaire en hypoxie, activité mitochondriale

Jeanson Yannick

Yannick Jeanson

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.

Modèles de vieillissement (Anglais)

Nothobroanchius

Modèles de vieillissement

La régénération des tissus et des organes représente un enjeu cognitif et médical majeur. L’objectif de notre institut est de comprendre certains des mécanismes sous-jacents pour améliorer/rétablir les capacités de régénération chez l’adulte.

L’institut propose une expertise dans plusieurs modèles de vieillissement notamment chez les poissons tels que Brachyodanio rerio et Nothobroanchius furzeri.

Ces espèces ont été choisies principalement pour leur homologie avec les phénomènes étudiés chez l’homme (physiologique, clinique…), pour les outils techniques qui peuvent être mis en place (outils génétiques permettant par exemple l’accès à des lignées mutées, physique tel que l’imagerie, chirurgicaux permettant le développement de modèles et l’utilisation de biomatériaux) ainsi que pour les données bibliographiques liées à ces espèces.

expertises

CONTACT

Foie, tissu adipeux, macrophages, métabolisme, inflammation, vieillissement

user

Jean-Philippe Pradere

L’ingénieur de la plateforme évalue la demande de l’utilisateur et propose la solution la plus adaptée à ses besoins. Il :

  • assure le conseil dans l’élaboration des manipulations,
  • forme les utilisateurs,
  • assiste les utilisateurs dans l’analyse et l’interprétation de leurs résultats,
  • accompagne les utilisateurs dans la mise en place de projet de recherche et développement, sous forme de collaboration.