Offre d’emploi Doctorant

National Cancer Institute - Unsplash

Doctorant (H/F) en recherche pluridisciplinaire : Physiopathologie et traitement de données mathématiques

Ville : Toulouse, France

Corps : Doctorant

Remunération : 2 135€ brut mensuel

Type de contrat : CDD / Contrat doctoral 36 mois à partir du 1 octobre 2021

Quote : Temps complet

Description du sujet de thèse

Le but à terme du projet global est de construire un modèle numérique de simulation 3D pour identifier, mimer et étudier les mécanismes endogènes auto-organisateurs de la reconstruction tissulaire post-traumatique ou survenue au cours du vieillissement chez le mammifère adulte.

Les types d’auto-organisation qui prévalent dans un tissu adulte à l’équilibre et dans un tissu en construction peuvent être assimilés à des transitions de phase. Plus spécifiquement, le tissu sera considéré comme un système complexe composé d’un ensemble d’agents (fibres, cellules, réseaux), interagissant selon des règles heuristiques inspirées des systèmes complexes sociaux.

Le but est d’identifier les processus en jeu dans la reconstruction tissulaire après rupture, au travers du concept de transitions de phases déclenchées par des boucles de rétroaction positives entre les divers éléments énergétiques du système (mécanique, métabolique, chimique etc).

Le modèle multi-agent développé précédemment au sein de l’équipe servira de point de départ et sera modifié pour prendre en compte divers éléments énergétiques. Ceci impliquera des développements en modélisation mathématiques, simulations numériques, techniques d’analyse d’image et calibration/comparaison avec les données expérimentales.

Contexte de travail

L’équipe d’accueil est reconnue internationalement pour son expertise en médecine régénérative, basée sur la connaissance et l’utilisation des cellules stromales mésenchymateuses.

Elle a publié le premier essai sur l’utilisation des cellules stromales du tissu adipeux pour le traitement de l’ischémie critique des membres inférieurs. Elle a mis en place un processus de production de cellules et une plateforme labellisée de contrôle qualité dans le cadre de l’infrastructure nationale ECellFrance pour assurer la sécurité et le contrôle de la qualité des cellules et des tests in vivo de biosécurité des cellules thérapeutiques.

Elle a également démontré que le tissu adipeux est un réservoir physiologique et thérapeutique de cellules souches utilisables en thérapie cellulaire. Elle a mis au point un modèle très original de régénération tissulaire chez le mammifère adulte qui permet de calibrer et tester des hypothèses originales (Labit et al, Sci. Rep., 2018). Elle est à l’origine des questions biologiques qui ont conduit au premier modèle mathématique publié pour l’émergence de structure (Peurichard et al, J Theor Biol, 2017) et des processus de réparation (Peurichard et al, J Theor Biol, 2019). Elle apportera une connaissance longitudinale liée aux processus de régénération et réjuvénation.

Ce projet multi-disciplinaire est en collaboration avec des équipes de mathématiciens (IMT Toulouse, INRIA Paris) qui s’intéressent aux dynamiques collectives, à la prise de décision et à l’auto-organisation dans les systèmes complexes issus de la biologie et des sciences sociales et une équipe de physiciens (LAAS CNRS Toulouse). Les méthodes utilisées combinent l’analyse, la théorie asymptotique et les techniques numériques multi-échelles.

La réunion de ces deux équipes permettra d’allier les compétences dans la biologie des cellules souches, du stroma et de l’homéostasie tissulaire, et les récents progrès du traitement moderne des données, permettant de faire de la régénération d’organes entier un objectif réaliste et réalisable.

Informations complémentaires

Profil : Le profil recherché est celui d’un(e) étudiant(e) sortant de master disposant de bonnes bases en physique appliquées avec un fort intérêt en biologie.

Le (la) candidat(e) aura en particulier un bon bagage numérique (maîtrise de la programmation sous R et python) lui permettant d’être rapidement autonome dans la mise en œuvre des développements scientifiques envisagés. Il disposera également d’une bonne capacité de communication à la fois écrite et orale en français et en anglais. Des échanges et des déplacements sont prévus avec nos partenaires anglais.

Recrutement : La personne recrutée commencera son contrat en Octobre 2021. Le dossier de candidature sera constitué des pièces suivantes :
o Curriculum vitae détaillé
o Copie des relevés de notes en M1, M2 et rang de classement
o Lettres de recommandations s’il y a lieu

CONTACT

Candidatures sur le site du CNRS :

Bienvenue à Jean NAKHLE

Bienvenue à Jean NAKHLE!

PARCOURS de JEAN

« J’ai effectué une licence suivie d’un master en biochimie à l’Université Libanaise avant de venir en France pour poursuivre un master en Cancer Biology à l’Université de Montpellier. Mon stage de master 2 a eu lieu à l’Institut de Médecine Régénératrice et de Biothérapie (IRMB) dans l’équipe du Professeur Christian Jorgensen, durant lequel j’ai participé à la conception de circuits microfluidiques afin de mettre en évidence le transfert de mitochondries des cellules souches mésenchymateuses vers les cellules souches de glioblastome, médié par les tunneling nanotubes.

J’ai ensuite obtenu une bourse MESRI pour effectuer mon doctorat, en co-direction entre l’équipe du Professeur Jorgensen et celle du Dr. Naomi Taylor (Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier, IGMM), durant lequel je me suis intéressé au dialogue entre les cellules cancéreuses et leur microenvironnement, et ses conséquences sur la réponse à la thérapie. J’ai pu montrer que l’acquisition des mitochondries des cellules souches mésenchymateuses augmente la résistance des cellules souches de glioblastome à la chimiothérapie, et ce à travers une reprogrammation métabolique qui consiste, entre autres, en une augmentation de l’oxydation phosphorylante et de l’utilisation de la glutamine pour synthétiser les intermédiaires du cycle de Krebs et les pyrimidines.

Toujours dans l’optique de comprendre les effets du dialogue métabolique, ce qui s’inscrit dans la continuité directe de mes travaux de thèse, j’ai rejoint l’équipe 3 Metabolink à l’institut Restore, afin d’entreprendre mon post doctorat sous la direction des Docteurs Isabelle Ader et Audrey Carrière, en collaboration étroite avec le Docteur Jean Emmanuel Sarry du Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse (CRCT). »

08/07 : LE 13H DE LAURE VERRET @ RESTORE

Des neurones immatures dans un cerveau Alzheimer.

Dans le cerveau, certains neurones inhibiteurs, en particulier ceux à décharge rapide et exprimant la protéine parvalbumine (PV), jouent un rôle crucial dans l’organisation de l’activité cérébrale. Dans le cerveau juvénile, la maturation des neurones PV est dépendante de l’expérience vécue par les individus, et sont soumis à une période critique de plasticité. Une fois matures, ces neurones sont entourés d’une matrice extracellulaire specifique, les perineuronal nets (PNN), dont la fonction serait de conserver les réseaux neuronaux construits par l’expérience en maintenant la présence des synapses alors formées sur les neurones PV.

Au cours de cette présentation, je vous présenterai nos études récentes montrant que la présence des PNN est réduite dans l’hippocampe – structure cérébrale nécessaire à la formation de nouveaux souvenirs – de souris modèles de la maladie d’Alzheimer (MA).

En outre, la destruction des PNN hippocampiques chez les souris sauvages induit des déficits de mémoire similaires à ceux observés dans la MA, et provoquer la maturation des neurones PV des souris MA, comportementalement ou pharmacologiquement, permet de restaurer les fonctions mnésiques des souris. Ceci suggère que la présence de neurones PV immatures dans le cerveau des souris MA a une influence néfaste sur la récupération de la mémoire et peut-être même sur la formation de nouveaux souvenirs, et que les manipulations qui favorisent la maturation des neurones PV dans un cerveau atteint de la MA peuvent être bénéfiques.

Pour en apprendre davantage

Laure VERRET

Maître de Conférences

Centre de Recherches sur la Cognition Animale

 

01/07 : LE 13H DE BETTINA COUDERC @ RESTORE

Evaluations éthiques des essais cliniques en France : les leçons de la pandémie 2020.

Une étude clinique vise à démontrer une hypothèse scientifique chez l’homme, en se basant sur les connaissances actuelles de la science, afin d’apporter un bénéfice à des patients. Cette recherche doit être conduite dans le respect de règles éthiques qui sont en France codifiées dans le code de la santé publique. Les résultats de l’étude permettent alors de valider ou d’invalider l’hypothèse initiale et conduisent à des recommandations de prise en charge ou à la mise sur le marché de nouveaux médicaments.

En tant que chercheurs vous êtes peut-être amenés à utiliser des échantillons ou des données provenant de patients ou même être à l’origine d’une demande d’essai clinique interventionnelle ou non.

Après un rappel de la réglementation en vigueur concernant la recherche clinique, nous analyserons les moyens qui ont été développés pendant la pandémie. Entre le 5 février et le 30 juin 2020, 500 demandes d’essais cliniques ont été déposés en France. Cette frénésie a révélé des questions éthiques majeures sur les conditions de réalisation d’études cliniques. Cela amène à la nécessité d’une réflexion globale au niveau des chercheurs, des cliniciens, des évaluateurs (CPP et ANSM) et même du grand public afin d’assurer la sécurité de tous les patients qui se prêtent à la recherche clinique.

Pour en apprendre davantage

Bettina COUDERC

CERPOP, UMR 1295, Inserm, Université Paul Sabatier -Toulouse III, 

Equipe BIOETHICS

Institut Claudius Regaud, IUCT-Oncopole

Toulouse

24/06 : LE 13H DE CYRILLE DELPIERRE @ RESTORE

Environnement social, incorporation biologique et inégalités sociales de santé.

La France se caractérise par l’existence d’inégalités sociales de santé (ISS) marquée, les ISS pouvant être définies comme toute relation entre la santé et l’appartenance à une catégorie sociale. Ainsi sur la période 2012-2016, parmi les 5% les plus aisés, l’espérance de vie à la naissance des hommes est de 84,4 ans contre 71,7 ans parmi les 5% les plus modestes, soit 13 ans d’écart. Chez les femmes cet écart est de 8 ans. Les mécanismes expliquant ces inégalités ne sont que partiellement compris. L’étude de la construction de ces inégalités sociales de santé est l’objectif général de notre équipe.

Nos travaux se caractérisent par l’étude des déterminants sociaux de santé dont les mécanismes d’action sur la santé sont communs à de nombreuses pathologies. Nous ne nous concentrons donc pas sur l’étude d’une pathologie spécifique, mais explorons les phénomènes de santé qui jouent un rôle prépondérant dans le gradient social de santé, notamment les maladies chroniques, et en particulier les cancers. Une de nos originalités est de s’intéresser aux mécanismes par lesquels l’environnement social est biologiquement incorporé, au sens littéral du terme (concept d’incorporation biologique), et ainsi impacter le fonctionnement physiologique et à terme la santé.

L’objectif de ces recherches est d’expliquer la construction des ISS non seulement par des expositions physiques, chimiques et des comportements de santé socialement distribués mais aussi en montrant que l’environnement social peut modifier “directement” le fonctionnement biologique.

Cette présentation sera l’occasion de revenir sur ces différents éléments, en commençant par un bref état de l’art sur les ISS en France, leurs déterminants avant de se centrer sur les évidences concernant l’incorporation biologique de l’environnement social et des conséquences potentielles en termes de prévention et de prise en charge. »  

Pour en apprendre davantage

Cyrille DELPIERRE

chargé de recherche à l’Inserm (U1027, Inserm-Université de Toulouse III).

17/06 : LE 13H MH LACOSTE-FERRÉ, V SAMOUILLAN ET DE C LAURENT @ RESTORE

Structure physique et dynamique des protéines de la matrice extracellulaire.

Les principales macromolécules constitutives de la matrice extracellulaire – collagène, élastine, protéoglycanes et glycoprotéines de structure – essentielles à sa cohésion et à sa résilience ne sont pas de simples éléments de soutien, mais des constituants actifs évoluant en fonction de la physiologie et de la pathologie. Leur fonctionnalité est reliée à leur dynamique interne sur différentes échelles de temps et de longueur, en étroite relation avec l’eau.

De nombreuses techniques statiques ont permis d’évaluer les différents niveaux de structure dans les protéines à l’état déshydraté ou en solution, amenant à des relations structure/fonction biologique. Cependant, les analyses temporelles ou fréquentielles, qui ont montré leur capacité à sonder la dynamique de polymères ou de matériaux composites, méritent d’être adaptées à l’étude des polypeptides et protéines.

A travers des exemples variés (en particulier pour les tissus cardio-vasculaires et cutanés et les muqueuses), nous montrerons comment les techniques diélectriques et mécaniques, couplées à l’analyse thermique et vibrationnelle, permettent d’explorer la structure physique et la dynamique de systèmes biologiques de complexité croissante, à l’échelle nanométrique et mésoscopique. Nous verrons aussi comment les signatures vibrationnelles, thermiques, mécaniques et diélectriques collectées sur des protéines et tissus sains peuvent contribuer à la compréhension du vieillissement, de certaines pathologies et permettent l’optimisation de biomatériaux de substitution.

Pour en apprendre davantage

MH Lacoste-Ferré, V Samouillan et C Laurent

27/05 : LE 13H TECHNOLOGIQUE DE ZEISS @ RESTORE

La microscopie à Rayons X : quelle place dans la compréhension des mécanismes du vivant ?

Alors que le tissu adipeux médullaire (TAM) représente environ 10% de la masse adipeuse totale, ce dépôt reste très mal caractérisé chez l’Homme. Contrairement aux autres dépôts adipeux, la masse adipeuse médullaire est augmentée avec l’obésité mais aussi en situation de déficit énergétique (anorexie nerveuse ou restriction calorique) suggérant que les adipocytes médullaires (Ad-M) possèdent un métabolisme spécifique.

La microscopie à Rayons X (XRM) est une technique d’imagerie non destructive qui permet d’observer la structure interne et tridimensionnelle d’un échantillon en exploitant ses capacités d’absorption des rayons X. Encore peu répandue dans le domaine des sciences de la vie, nous présenterons l’applicabilité de la XRM aux tissus biologiques (tissus durs et mous) en donnant des perspectives de performances attendues en termes de contraste et de résolution.

En tenant compte de l’expertise dont l’unité dispose déjà pour l’imagerie 3D en fluorescence des modèles de vieillissement, nous montrerons comment l’utilisation de rapporteurs fluorescents peut aussi être exploitée en XRM afin de corréler les informations structurales qu’elle fournit avec les informations fonctionnelles obtenues en microscopie optique.

La mise à disposition de ces technologies ZEISS au sein de RESTORE devrait ouvrir la voie vers de nouveaux développements tels que la mise en place d’un workflow expérimental pour une analyse multi-échelle. L’obtention de données 3D voire 4D au cours du temps serait en effet pertinente pour établir la signature spectrale d’un tissu en lien avec son état global, dans un contexte d’étude de la perte de fonction liée à l’âge.

Ainsi, par leur capacité à libérer du cholestérol, les AM pourraient affecter les cellules à proximité comme les cellules tumorales prostatiques, aspects que nous étudions actuellement au laboratoire. Nos résultats préliminaires montrent que des cellules tumorales prostatiques cocultivées avec des AM accumulent des lipides neutres. Considérant la spécificité métabolique des AM (absence de lipolyse et métabolisme orienté vers le cholestérol), il sera donc important de déterminer la nature de ces lipides libérés et stockés dans les cellules tumorales ainsi que les mécanismes permettant leur libération.

Pour en apprendre davantage

Perrine BOREL & Nicolas GUENINCHAULT

Account manager & X-ray microscopy specialist